施工合同备案费收取包括以下：1、保险费用根据不同的区（如和平区、河东区）要求上意外伤害险（费率合同额的1％）或工伤保险（费率合同额的1．2％）。

2、担保费用：费率合同额的千分之2．5（担保额为合同额的10％，担保费率为担保额的2．5％）。3、中标服务费（交易服务费），根据不同的区执行，该费用一般很少。

补充备案合同需直接拿甲、乙双方的补充合同，补交以上费用即可。

法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。备案的流程包括以下几项：

1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。

2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。

3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。

一、建设工程合同备案需要什么材料

建设工程合同包括了许多种，不同的种类的建设工程合同备案时需要的材料也不同。

1、勘察合同备案

（1）、勘察合同原件3份；

（2）、勘察合同备案表6份；

2、设计合同备案

（1）、设计合同原件3份；

（2）、设计合同备案表6份；

3、招标代理合同备案

（1）、招标代理合同原件3份；

（2）、招标代理合同备案表6份；

4、造价咨询合同备案

（1）、造价咨询合同原件3份；

（2）、造价咨询合同备案表6份；

（3）、标底文件原件一份（标底的成果文件要求装订成册，有编制说明，封面加盖单位公章，注册造价工程师、造价员签字盖章齐全。）；

5、施工合同备案

（1）、施工合同6份原件；

（2）、施工合同备案表6份；

（3）、中标通知书1份（复印件加盖原件存放单位公章）；

（4）、招标文件原件1份；

（5）、类别确认书1份（复印件加盖原件存放单位公章）。