一是证据的证明标准不明确。

《行政复议法》关于证明标准的唯一规定是证据确凿，这种规定过于原则，缺乏可操作性，在审查行政复议案件过程中难以把握。二是分担不明确，《行政复议法》只要求行政机关对当初作出的证据负有举证责任，而对申请人、第三人是否承担举证责任以及可否因此承担举证不能的法律后果没有予以明确。三是对证据的审查判断没有统一的责任机制。对于发生证据冲突时如何审查判断证据，合理排除证据之间冲突等问题，没有统一的责任机制可供适用。由于责任机制的缺失，只由案件承办人凭借主观认识来决定证据的取舍，难以保证认定事实的正确，出现问题后也没有类似于司法机关的错案追究制度追究有关人员的责任，行政复议案件办理质量难以得到保证。完善行政复议证据制度建议：

1、建立以证明责任倒置制度为基础的举证制度。在某些案件中，行政管理相对人将会因为难以举证加以证明而导致权利不能得到维护和救济，有失公正。从行政争议案件的情况看，行政机关行使的是公权，相对人行使的是私权，公权与私权的对抗中，私权无疑处于劣势地位。因此，在行政复议中，作出具体行政行为的行政机关要对当初作出的具体行政行为合法性和合理性负有举证责任，这一点行政复议法中虽有规定，但不够具体，应当进一步明确。

2、建立听证会前的证据开示制度。在行政复议案件审查过程中，可以借鉴其合理的成分，象民事诉讼那样建立证据交换制度，主要理由是;一是一些疑难复杂的行政复议案件，证据数量多，时间跨度大，证据之间冲突多，如果集中在听证会上进行举证、质证、认证，听证时间冗长，影响审查判断证据质量。二是在一些行政复议案件中，行政复议机关不具有作出变更具体行政行为的权能，要求原作出具体行政行为的行政机关重新作出具体行政行为，申请人或者第三人对决定不服，重新申请行政复议，案件必将长期在行政机关内循环，形成上访案件或诉累。通过证据开示制度，可以促成各方当事人的和解，化解矛盾，提高办案质量和效果。

3、建立证据审查判断标准。一是要明确适格证据的标准。根据证据法学的原理，通说证据的适格要件是三性说，即一个独立的证据要具有客观性、关联性和合法性。无论是在诉讼过程中还是在行政复议过程中，作为一个独立的证据都要同时具备三性，才能作为适格证据。二是要明确认定行政复议案件事实证据应达到的标准，即认定整个案件事实应当达到的最低标准，其中有两层含义，一层含义是证明整个案件事实的证据在质的要求上应当达到确实，在量的要求上应当达到充分。另一层含义是运用证据确定的案件事实是法律事实，而不是客观事实。三是要明确证据的证明力标准，即同一待证事实不同证据之间的效力应当予以明确。由于此问题涉及数量和难度都相当大，为使行政复议与行政诉讼在证据确认上相衔接，应当参照《最高人民法院关于的规定》制定出行政复议案件证据证明力的标准。四是要明确涉外行政复议案件证据要求的特殊标准。如涉外行政复议案件的书证，应当说明证据来源、经所在国公证机关证明、我国使领馆认证和翻译机构盖章或者翻译人员签名等特殊规定。