补充协议单独有效。签订合同之后，发现内容还需补充的，经合同各方协商一致，可以拟定补充协议。补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，若补充协议条款与原合同不一致或者发生冲突时，应当以补充协议为准；但若原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款变更则不发生法律效力。

一、主合同与补充协议的联系

“补充协议”或者称为“协议补充”，是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的协议。“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。主合同与补充协议的联系：1、补充协议是对主合同未明确事项或变更事项的补充约定。2、效力上一般是优先遵循补充协议约定。3、与主合同不冲突补充协议可以作为主合同的补充，应当有效；当主合同与补充合同产生冲突时，只要主合同中没有“不允许补充协议对主合同修改”的限制条款，一般应以补充合同为准。

二、补充合同与主合同结算单价不一致怎么办？

施工合同是需要备案的，那要是建设施工合同和'补充协议'不一致时,应当按照哪个标准进行结算呢?依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定，“当事人就同一建设工程另行订立建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案中标合同作为结算工程价款的根据”。这是“黑白合同”应当以白合同进行结算的基本原则。应当注意的是，不是必须招投标的工程项目，但是，当事人按照招投标的程序进行了招投标，签订了施工合同并进行了备案，此后双方又签订了黑白合同，也应当适用《司法解释》第21条关于以备案合同进行结算的规定。因此，在主合同和补充合同结算不一样时，应该看主合同和补充协议对此是怎么约定的，按约定处理即可，若未约定以哪份为准，一般以补充协议为准，若补充协议的签订存在违法的情形，则以主合同为准。

三、补充合同的效力该怎么认定

补充合同的效力优于主合同。当补充合同与主合同的约定发生冲突时，以后的约定条款执行，因为补充协议可以视为双方就合同变更达成一致，但这一新协议必须明确，不能模棱两可。补充协议一般在尾部写明原合同与本补充协议不一致的，以补充协议为准。值得注意的是，原合同明确规定不得变更的条款，补充协议中规定的变更不具有法律效力。