1、保税区实行境内关外管理体制，由海关监管。保税区与境外之间货物进出实行备案制。对保税区仓储、转口的进境货物，除国家禁止进口和海关总署规定不得进区货物及必需报批的外，其它货物凭海关货物备案清单直接进区。

2、对保税区与境外之间进出的货物，除实行出口被动配额管理的外，不实行进出口配额、许可证管理。

3、对汕头关区内一时无法报关的限制进口货物，如因合同执行期间国家贸易管制政策调整，收货人无法及时补办有关审批手续，可于运输工具申报进境之日起14天内提出申请，经海关审核同意给予存入保税区。

4、对保税区内兴办的生产性项目，除设立生产一些敏感商品的企业和海关总署规定需按行业规定管理应报国家主管部门批准的外，其它项目可由保税区管委会审批。

5、区内企业从境外进口自用的生产、管理设备和自用合理数量的办公用品及其所需的维修零配件，生产用燃料，建设生产厂房、仓储设施所需的物资、设备，予以免税，为加工出口产品所需的原材料、零部件、元器件、包装物件，予以保税。

6、保税区不实行加工贸易银行保证金台帐制和不实行企业分类管理。对已与保税区海关实行电脑联网的加工贸易企业，海关按电子帐册管理办法管理；对条件不具备与海关实行电脑联网的加工贸易企业，企业凭对外加工合同备案进口所需原辅材料，也可按年度生产能力总合同备案，分期进料生产加工出口。

7、对在区内拥有生产场地，并已正式开展加工业务且主要工序在区内的企业，经海关批准可办理委托区外企业或接受区外企业委托进行加工业务。对保税区企业产品深加工结转手续，目前可按异地报关和转关两种办法办理。

8、保税区加工出口产品，除法律、行政法规另有规定外，免征出口关税。区内的加工增值不征收增值税。转口贸易、区内企业之间的保税商品交易和转让、转移不征收流转环节增值税。加工贸易企业产品内销时补征进口税款，不计税款利息。

9、保税区外汇免结汇核销。对区内企业不实行贸易单项出口收汇和进口付汇核销制度，企业可在区内银行开设外汇现汇帐户，经营所得外汇免予结汇，由企业全部保留，自主使用。区内生产企业进口生产性设备和料件，自有外汇不足的可向市外汇管理部门申请购汇支付；区内货物分拨企业支付进口货款，自有外汇不足支付的，可向市外汇部门申请购汇支付；区内企业以货到付款方式结算的贸易进口用汇，自有外汇不足支付的，也可向市外汇部门申请购汇支付。

10、保税区内可设立外商独资、中外合资或内资企业的贸易公司。享有与境外直接开展国际贸易和与国内有进出口经营权企业开展贸易的经营权。同时，也可在保税区内开展仓储、展示、商业性简单加工等经营活动。