宅基地使用权纠纷由人民政府处理。对当事人之间因宅基地而引发的纠纷，只要一方当事人提出争议，双方宅基地使用证存在着界限不明确或界限重合或双方均无宅基地使用证的情形就属于权属不清，双方协商不成，必须由人民政府处理，由政府作出确权决定。享有权属依据的一方当事人未经政府确权，不能以对方当事人侵权向法院起诉，人民法院也不能直接处理。

宅基地使用权纠纷处理的方法

1、农户之间发生宅基地权属争议，当事人双方应尊重历史，相互谦让，协商解决问题。双方协商成功，最好签订协议。双方达成的协议，不得违反有关法律、法规，不得损害国家、集体的利益和其他村民的合法权益。

2、协商不成的，当事人任何一方或双方可到当地乡（镇）政府或土地管理所等受理机关提出处理申请。申请处理时，应以书面形式写明：申请人、对方当事人的名称、地址；申请处理的事项、具体要求和理由，并附争议地块示意图；有关证据及其来源，证人的姓名、工作单位或地址。受理机关接到处理申请后，应在15日内决定是否受理。决定受理的，应当在10日内将申请书副本发送对方当事人。对方当事人应在接到申请书副本之日起30日内提交答辩文书和有关证据；逾期不提交答辩文书的，不影响作出处理决定。受理机关决定不受理的，应当在决定后10日内书面通知申请人，并说明理由。

3、如果乡镇不受理，当事人双方可直接向县政府或国土局申请，若符合受理条件，可指定受理或直接受理。受理机关对受理的宅基地权属争议，可先行调解；调解无效的，应当作出处理决定。

4、当事人对处理决定不服的，可在收到处理决定通知之日起15日内向上一级处理机关申请复议，也可以在接到处理决定后30日内，直接向人民法院起诉。

上一级处理机关接到复议申请后，应在3个月内作出复议决定。当事人对复议决定不服的，可在接到复议决定通知之日起15日内向人民法院起诉。在宅基地权属争议处理期间，任何一方不得改变宅基地现状和破坏其房屋。

《中华人民共和国土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。