目前对于房地产公司转让股权是否缴纳土地增值税则争议较大，具体体现如下：

1、增值额难以确定。土地增值税实行四级超额累进税率，而确定税率的关键就是确定增值额。根据《土地增值税暂行条例》的规定，纳税人转让房地产所取得的收入，减除规定扣除项目金额后的余额，为应纳土地增值税的增值额。以股权转让方式转让房地产的交易中，要确定增值额，首先要确定房地产转让收入和扣除项目金额。扣除项目金额被转让企业账面有记载，容易获得。房地产转让收入应如何确定，转让方获得的是股权转让收入，包括房地产价值、股本价值和其他资产价值。哪些属于房地产价值，很难确定。

2、存在重复征税。适用国税函[2000]687号对股权转让行为征收土地增值税，是对股权转让方征税，被转让企业的土地账面价值不会相应得到调整，股权收购方在购买被转让企业股权，获得该房地产后，无论继续开发后转让或直接转让，均只能以被转让企业账面记载的房地产开发成本作为计算土地增值税的扣除项目金额，不能将股权转让方已经缴纳的土地增值税计入扣除项目金额。势必造成对同一房地产销售行为重复缴纳土地增值税的情况。

3、容易被规避。国税函[2000]687号文件的适用，必须满足三个条件：

（1）股权转让行为为一次性行为；

（2）转让100%股权；

（3）以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物。

只有同时满足上述三个条件才能适用687号文件对以股权转让方式转让房地产的行为征收土地增值税。如果以股权转让方式转让房地产行为的最终目的是为了避税，那么企业通过多次股权交易或者转让99%的股权，就不满足国税函[2000]687号的适用条件，是不征收土地增值税。

通常来说，房地产公司进行股权转让，企业所得税和印花税是必须要缴纳的，目前在土地增值税上是否有优惠还存在争议，大部分观点是这个税费也是要收的。并且，按照小微企业税费规定，小微企业享有所得税减免政策，但是房地产公司通常规模很大，并不属于小微企业。所以说房地产公司转让股权是否节约税费，还要看具体情况而定。

一、房地产公司转让股权需要缴纳哪些税费？

股权转让就是股东出让股份，将公司相关的控制权、收益权等出资人权利及其对应的义务转移给受让人，使受让人成为公司股东的民事法律行为。转让房地产是指房地产权利人通过买卖、赠与或者其他合法方式将其房地产转移给他人的行为。包括转让房地产、土地使用权和在建工程。以股权转让方式转让房地产是指形式上转让股权，但实质转让房地产的行为。以股权转让方式转让房地产涉及土地增值税、企业所得税、印花税等，对于企业所得税和印花税的缴纳，税收法规规定较为明确，没有任何争议。