本案中，一审法院认为盐酸吉西他滨属于专利法规定的新产品范围，豪森公司应就其制备盐酸吉西他滨的工艺方法负举证责任。而基于本案的特殊性，如将涉及豪森公司工艺方法的技术资料内容交由伊莱利利公司审查，则可能会使豪森公司的商业利益遭受无法预见和无法弥补的损害。因此，一审法院决定对豪森公司工艺方法的技术资料采取变通的质证方式：不将该资料提交伊莱利利公司审查，而交独立的鉴定专家组审查其真实性以及与原告专利方法是否相同。

基于鉴定结论认为豪森公司改进后的工艺方法以及申报生产的工艺方法与伊莱利利公司专利独立权利要求所记载的保护方法不同，伊莱利利公司关于鉴定意见的质证意见不能成立，也无足够相反证据推翻上述鉴定结论，故一审法院认为该鉴定意见应作为有效的定案证据使用。按照该鉴定意见，豪森公司制备盐酸吉西他滨的工艺方法(包括中试工艺和申报生产工艺)与伊莱利利公司3项专利独立权利要求所记载的保护方法不相同，未落入专利独立权利要求的保护范围。因此，伊莱利利公司起诉豪森公司侵犯专利权没有事实和法律依据，其诉讼请求应予驳回。

但是，根据2001年《专利法》第57条第2款的规定，豪森公司应当提供其盐酸吉西他滨产品制造方法不同于专利方法的证明。《民事诉讼法》第66条规定：证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证。对涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的证据应当保密，需要在法庭出示的，不得在公开开庭时出示。根据规定，在程序上给予上诉人伊莱利利公司要求被控侵权方有效披露完整的涉及该新产品制造方法的证据材料并进行质证的权利，给予被上诉人豪森公司要求上诉人伊莱利利公司对披露的证据中涉及商业秘密的内容进行保密的权利；在实体上对当事人在诉讼中披露商业秘密可能受到的损害也充分给予考虑，在保障当事人合法诉讼权利的同时对当事人的实体民事权益提供有效保护。

对豪森公司提交的要求保密的制备盐酸吉西他滨产品的工艺方法资料，也应当依照上述法律规定进行质证。当事人提交由法院转交鉴定机构的鉴定资料包括：伊莱利利公司3项专利的相关文献资料、豪森公司向法庭提供的研制吉西他滨、盐酸吉西他滨的生产方法的一套资料、豪森公司向江苏省药品监督管理局申报生产盐酸吉西他滨的生产资料一套以及豪森公司于2001年11月向国家药品监督管理部门提交的盐酸吉西他滨生产新工艺申报资料一套和有关实验图谱。

只有在双方当事人对证据进行质证的基础上，才能够对被控侵权方法与专利方法是相同、等同还是不同作出正确的判断。因此，法院在审理本案的过程中，应该根据被上诉人豪森公司的申请采取不公开审理的方式，并要求上诉人伊莱利利公司法定代表人、委托代理人以及其他参与诉讼的人员承担保密义务，不得将通过诉讼程序获得的属于豪森公司商业秘密的技术信息用于诉讼以外的商业用途，否则将追究其法律责任。上述庭审质证方式，既能保障上诉人伊莱利利公司依法获得涉及被控侵权方法的证据材料进行质证的诉讼权利，同时也能避免被上诉人豪森公司所称其商业秘密因诉讼程序而泄露，保护豪森公司的合法利益。