合同的补充协议有法律效力。补充协议与现有合同相比，协议补充是通过协议补充现有合同中的漏洞。因此，现有合同与补充协议之间存在主从关系。现有合同为主合同，补充协议为合同。现有合同作为主合同，不以补充协议的存在为前提，也不受补充协议的限制独立存在。补充合同约定与主合同约定发生矛盾时，以后期约定条款为准。

一、在我国什么是劳动合同补充协议？

合同“补充协议”或者称为“协议补充”，是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的协议。“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。已经存在的合同是主合同，“补充协议”是从合同。已经存在的合同作为主合同不以“补充协议”的存在为前提，或者说不受“补充协议”的制约而独立存在。反之，“补充协议”必须以已经存在的合同的存在为前提，自身不能独立存在。尽管“补充协议”相对于主合同而言没有独立性，但是其本身也是协议。因此，“补充协议”的成立和生效与主合同的成立和生效的依据相同。

二、补充协议的内容限制

补充协议的内容具有很大的灵活性，这种方式可以随时变更合同。合同签订后是否需要签订补充协议，由双方根据合同履行实际情况决定。但是，补充协议的内容也必须受到限制。

1、一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由。例如，在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。再比如，建设工程施工合同，在施工中如果发包方想把与之有关的小工程再发包给承包方，承包方愿意承接，双方可以就增加的工程内容签订补充协议。

2、补充协议对主合同的多数条款不予变更。补充过多的新约定或者对主合同修改过多，则该补充协议就难以称之为补充协议。补充协议的内容非常广泛，可以是补充付款方式，也可以是补充验收程序，还可以是补充设计变更内容。在建设工程施工和设计合同中，使用补充协议的机会比较多，主要是因为在施工中或设计开始后，发包方又会有很多新问题需要承包方帮助完成，工程经常会出现变化，这时只要双方认可变更事项，履行法律变更手续即可。

3、补充协议不能违反法律、行政法规的强制性规定。补充协议的内容有当事人自由商定，但合同双方当事人不可以利用补充协议钻法律的空子，不可以规避法律程序性规定和实质性规定。例如，在建设工程招投标中，有的招标人中标后再与招标人签订补充协议，把正式中标合同交给政府部门备案，双方私下再签订一个补充协议，擅自改变合同标的或标价，双方按补充协议执行。

在中标前，投标人与招标人事先约定好，按程序中标后，投标人给招标人降低一定价格，此条件为中标条件，这样形成的中标和补充协议违背法律规定，属于无效协议。也有的合同当事人利用补充协议损害国际利益或第三方利益，这样的补充协议也当属无效。例如，合同中将较小的部分工程发包给承包方，结果双方在补充协议中签订较大工程的合同，这属于规避法律关于建设工程招标的规定。较大的工程不能采用补充协议的方式签订合同，应当按招标投标程序办理，一般来说，补充协议的内容都属于主合同遗漏的内容或依附于主合同的小项目。

三、签合同注意事项有哪些

第一，签合同注意事项有哪些

1、合同中的空白条款，在签订合同时，你会发现，一些条款下，会有空白条款的存在。

2、补充协议中的义务与权利是不是对等，补充协议是对购房合同的补充，一般会在补充协议中约定很多合同中没法明说的约定。

3、违约责任和赔偿约定，合同中的违约责任和赔偿约定，需要大家重点关注。