会的，刑事判决书必须入档案的。民事案件一般遵循不告不理的原则，即当事人不主动向国家司法机关请求，国家司法机关一般不介入干预当事人之间的纠纷。而刑事案件一般都有国家刑事司法机关主动介入，受害人或者群众报案、举报后，公安、检察机关即会介入侦查。然后由检察院代表国家对被告人提起公诉，由法院作为法律的裁判者进行公正的审判从而达到制裁犯罪人和保护人民的刑法目的。

一、侵占罪怎么起诉

刑法第270条第3款规定，对于侵占罪告诉才处理。即国家司法机关对侵占罪采取不告不理的原则，只有被害人告诉的，司法机关才能开始追究侵占罪行为人的刑事诉讼活动。对侵占罪的告诉问题应注意以下几点：

（一）告诉的对象

根据刑事诉讼法第84条的规定，被害人对侵犯其人身、财产权利的犯罪事实或者犯罪嫌疑人有权向公安机关、人民检察院或者人民法院报案或者控告。公安机关、人民检察院或者人民法院对于报案、控告、举报，都应当接受。对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理。被害人向公安机关、人民检察院、人民法院中任何一司法机关告诉的，都应视为已经告诉。

（二）侵占罪的诉讼形式

根据最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释（1998年23号）第一条的规定，侵占案属于人民法院直接受理的自诉案件，而不属于公诉案件的范畴，故侵占案件只能由人民法院直接受理，并按自诉案件审理程序进行审理。

二、刑事案件追诉时效的例外

例外，是指规定以外的情形，即不受规定的约束，追诉时效的例外，是指犯罪人具备了法律规定的情形，则不受追诉时效的限制，任何时候刑法都应当追究其刑事责任的情形。

追诉时效的例外有两种情形：

1、在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的不受追诉期限的限制；

2、被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，不受追诉期限的限制。

刑法制定上述两种追诉时效例外的情形，主要意义在于：

1、不使有罪的人逃脱刑罚的处罚。人民检察院、人民法院、公安机关、国家安全机关立案侦查的案件，是现行的刑事案件、是维护社会稳定的重要手段，犯罪分子在国家司法机关采取强制措施后，应主动投案、交待犯罪事实、配合司法机关侦破案件，争取宽大处理，如果在这时犯罪分子为逃避刑罚的打击而逃跑、藏匿，是公然的对抗和挑衅，应从严惩处，所以不受追诉时效的限制。

2、保护被害人的合法权益。刑法的任务之一就是保护国家、集体、公民的人身和财产安全，犯罪人侵害了国家、集体、公民的人身和财产权益，只要在规定的追诉期以内提出控告，该犯罪人也不受刑法追诉时效的限制，被害人可以在追诉时效期内的任何适当的时候向国家司法机关提起控告，以维护自己的合法权益。