1、凡符合应办理土地增值税清算条件的纳税人，应在90日内向主管地方税务机关提出清算税款申请，并据实填写《土地增值税清算申请表》，经主管地方税务机关核准后，即可办理竣工清算税款手续。

2、凡主管地方税务机关要求纳税人办理土地增值税清算手续的房地产开发项目，主管地方税务机关应出具《土地增值税清算通知书》并送达纳税人。纳税人应在接到《土地增值税清算通知书》之日起30日内，填写《土地增值税清算申请表》报送主管地方税务机关。经主管地方税务机关核准后，在90日内办理清算税款手续。

3、纳税人在办理土地增值税清算申报手续时，应向主管税务机关提交有关清税项目资料，并填写《土地增值税清算材料清单》。须提交的有关资料如下：

（1）项目竣工清算报表，当期财务会计报表（包括：损益表、主要开发产品（工程）销售明细表、已完工开发项目成本表）等。

（2）国有土地使用权证书。

（3）取得土地使用权时所支付的地价款有关证明凭证及国有土地使用权出让或转让合同。

（4）清算项目的预算、概算书、项目工程合同结算单。

（5）能够按清算项目支付贷款利息的有关证明及借款合同。

（6）销售商品房有关证明资料，以商品房购销合同统计表并加盖公章的形式，包含：销售项目栋号、房间号、销售面积、销售收入、用途等。

（7）清算项目的工程竣工验收报告。

（8）清算项目的销售许可证。

（9）与转让房地产有关的完税凭证，包括：已缴纳的营业税、城建税、教育费附加等。

（10）《土地增值税清算鉴证报告》。

（11）《土地增值税纳税申报表（一）》。

（12）税务机关要求报送的其他与土地增值税清算有关的证明资料等。

4、纳税人应准确、据实填写各类清算申报表和相关表格；纳税人委托中介机构代理进行清算鉴证的，在《鉴证报告》中应详细列举清算项目的收入、扣除项目和进行土地增值税清算的相关鉴证信息。

5、主管地方税务机关在收取纳税人提交的申请材料和《鉴证报告》时，应认真核对纳税人提供的资料，并严格按照《鉴证报告》标准格式进行验收，对纳税人提交的申请材料齐全的，主管税务机关应予以受理，并向纳税人开具《土地增值税清算受理通知书》交纳税人转入审核程序。

6、对纳税人提交的清税资料不完整、《鉴证报告》内容不规范、审计事项情况不清楚的，应退回纳税人重新修改《鉴证报告》或补充资料，并向纳税人开具《土地增值税清算补充材料通知书》交纳税人，待清算资料补充完整后，重新办理税款清算手续。

7、主管地方税务机关应自受理纳税人清算申请之日起90日内完成清算审核工作，不含纳税人应税务机关要求的补正资料时间。

8、税务机关办理补（退）土地增值税清算手续。

一、清算条件

凡从事房地产开发的企业应办理清算土地增值税手续的房地产开发项目，包括未预征土地增值税税款的房地产开发项目。土地增值税清算以纳税人初始填报的《土地增值税项目登记表》中房地产开发项目为对象，对一个清算项目中既有普通标准住宅工程又有其他商品房工程的，应分别核算增值额

1、符合下列情况之一的，纳税人应到主管地方税务机关办理土地增值税清算手续：

（一）全部竣工并销售完毕的房地产开发项目。

（二）整体转让未竣工的房地产开发项目。

（三）直接转让土地使用权的项目。

（四）纳税人申请注销税务登记的房地产开发项目

2、符合下列情况之一的，主管地方税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：

（一）纳税人开发的房地产开发项目已通过竣工验收，在整个预（销）售的房地产开发建筑面积达到可销售总建筑面积的比例85％（含）以上的。

（二）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的。

（三）经主管地方税务机关进行纳税评估发现问题后，认为需要办理土地增值税清算的房地产开发项目。

3、房地产开发企业纳税人建造商品房，已自用或出租使用年限在一年以上再出售的，应按照转让旧房及建筑物的政策规定缴纳土地增值税，不再列入土地增值税清算的范围。

二、清算手续时限

纳税人应进行土地增值税的清算的，须在满足清算条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续；主管税务机关要求纳税人进行土地增值税清算的，须在主税务机关限定的期限内办理清算手续。