公司合并合同是公司合并双方当事人就合并交易而达成的最终意思表示的合意。公司合并合同中的法律问题主要有：

1、换股比例的约定及调整。

换股比例是合并合同中最富争议性的焦点。决定换股比例所应考虑的因素，一方面必须依据合并双方公司的价值计算，即价值影响价格；另一方面也会反映出并购双方的需求以及各方的谈判能力差异与谈判结果，即需求决定价格；再一方面是换股比例决定之后到合并案实际完成之间，仍有可能发生计算换股比例的基础改变的情形，此时必须通过换股比例的调整机制以因应这种变化，所以，换股比例也在变化之中，但万变不离其宗，这种变化毕竟是局部的或者小范围的。例如，在合并合同中约定某一换股比例只能在双方股价在特定价格区间才能发生法律效力，如果股价波动超过该约定的价格区间，换股比例必须随之调整或重新商议，这属于一种弹性的换股比例约定。

2、公司合并生效的前提条件。

公司合并案能否生效，须看内部客观条件(如股东会同意)以及外部客观条件(如政府核准许可)等。所以，应当在公司合并合同中明确约定合并生效的前提条件，以减少纠纷的发生，确保双方当事人的权益。

3、员工补偿、安置条款。

公司企业进行合并的目的，不仅为取得资产，也有可能是为了取得某一经营团队特别是研发团队。存续的公司一方如认为必要，应使另一方在合并合同中承诺留用或安置、转移其重要员工，以确保合并的目的能够顺利实现。

4、禁止重大不利处分条款。

公司合并合同签订后至合并生效前，消失公司一方不得为其公司有重大不利益的处分行为。例如，承担债务、延长债权偿还期、免除担保责任、签订对其不利合同、承诺员工高额退休金等，以避免影响消失方的价值而减低合并的效益。

5、违约责任及赔偿、补偿条款。

公司合并中，存续的一方通常会要求被吞并的一方作出一些声明，以保证除已经权利义务关系外，再不存在其他债务或债权，甚至存续方在进行合并时，往往依赖于被吞并方的声明与担保。在此情形下，合并完成之后，如果因被吞并方声明与担保有虚伪不实或遗漏的情事，将影响存续方因合并所能产生效益及对换股比例的确定。所以，在合并合同中应当明确约定被吞并方的主要股东及经营阶层对该方在合并合同中所为的声明及担保事项承担保证责任，如果有不实或遗漏时，应由该方的主要股东及经营阶层承担损害赔偿连带责任。