5000元民事纠纷的诉讼费是50元。

《诉讼费用交纳办法》

第十三条案件受理费分别按照下列标准交纳：

（一）财产案件根据诉讼请求的金额或者价额，按照下列比例分段累计交纳：

1、不超过1万元的，每件交纳50元；

2、超过1万元至10万元的部分，按照2．5％交纳；

3、超过10万元至20万元的部分，按照2％交纳；

4、超过20万元至50万元的部分，按照1．5％交纳；

5、超过50万元至100万元的部分，按照1％交纳；

6、超过100万元至200万元的部分，按照0．9％交纳；

7、超过200万元至500万元的部分，按照0．8％交纳；

8、超过500万元至1000万元的部分，按照0．7％交纳；

9、超过1000万元至2000万元的部分，按照0．6％交纳；

10、超过2000万元的部分，按照0．5％交纳。

一、怎么提起民事诉讼？

1、准备好民事诉讼状。

2、到具有管辖权的人民法院起诉，并提交相关的证据材料。

3、按照人民法院的通知准时出席参与诉讼活动。

4、若不服一审判决或裁定，应在接到判决书后15天内或接到裁定书后10天内向原审人民法院或上一级人民法院提出上诉，并递交上诉状。”

二、诉讼费用的负担是怎么规定的？

《诉讼费用交纳办法》

第二十九条诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。

部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。

共同诉讼当事人败诉的，人民法院根据其对诉讼标的的利害关系，决定当事人各自负担的诉讼费用数额。

第三十条第二审人民法院改变第一审人民法院作出的判决、裁定的，应当相应变更第一审人民法院对诉讼费用负担的决定。

第三十一条经人民法院调解达成协议的案件，诉讼费用的负担由双方当事人协商解决；协商不成的，由人民法院决定。

第三十二条

依照本办法第九条第（一）项、第（二）项的规定应当交纳案件受理费的再审案件，诉讼费用由申请再审的当事人负担；双方当事人都申请再审的，诉讼费用依照本办法第二十九条的规定负担。原审诉讼费用的负担由人民法院根据诉讼费用负担原则重新确定。