绿色食品生产过程控制是绿色食品质量控制的关键环节，绿色食品生产过程标准是绿色食品标准体系的核心。绿色食品生产过程标准包括两部分：生产资料使用准则和生产操作规程。

1、生产资料使用准则

生产资料使用准则是对生产绿色食品过程中物质投入的一个原则性的规定，它包括农药、肥料、兽药、水产养殖用药、食品添加剂和饲料添加剂的使用准则。

（1）、生产绿色食品农药使用准则

绿色食品生产应从作物－病虫草等整个生态系统出发，综合运用各种防治措施，创造不利于病虫草害孳生和有利于各类天敌繁衍的环境条件，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少各类病虫草害所造成的损失。

准则中的农药被禁止使用的原因有如下几种：

①高毒、剧毒，使用不安全；

②高残留，高生物富集性；

③各种慢性毒性作用，如迟发性神经毒性；

④二次中毒或二次药害，如氟乙酰胺的二次中毒现象；

⑤三致作用，致畸、致癌、致突变；

⑥含特殊杂质，如三氯杀螨醇中含有DDT；

⑦代谢产物有特殊作用，如代森类代谢产物为致癌物ETU(乙撑硫脲)；

⑧对植物不安全、药害；

⑨对环境、非靶标生物有害。

对允许限量使用的农药除严格规定品种外，对使用量和使用时间作了详细的规定。对安全间隔期(种植业中最后一次用药距收获的时间，在养殖业中最后一次用药距屠宰、捕捞的时间称休药期。)也作了明确的规定。为避免同种农药在作物体内的累积和害虫的抗药性，准则中还规定在A级绿色食品生产过程中，每种允许使用的有机合成农药在一种作物的生产期内只允许使用一次，确保环境和食品不受污染。

（2）、生产绿色食品的肥料使用准则

绿色食品生产使用的肥料必须是：一是保护和促进使用对象的生长及昆其品质的提高；二是不造成使用对象产生和积累有害物质，不影响人体健康；三是对生态环境无不良影响。规定农家肥是绿色食品的主要养分来源。

准则中规定生产绿色食品允许使用的肥料有七大类26种在AA级绿色食品生产中除可使用C、Fe、Mn、Zn、B、Mo等微量元素及硫酸钾、锻烧磷酸盐外，不使用其它化学合成肥料，完全和国际接轨。A级绿色食品生产中则允许限量地使用部分化学合成肥料(但仍禁止使用硝态氮肥)，以对环境和作物(营养、味道、品质、和植物抗性)不产生不良后果的方法使用。