（1）公诉机关指控被告人侵犯商业秘密的举证难。这种举证难主要表现在两个方面：一方面表现为权利人的不配合。往往权利人对其拥有的商业秘密不愿提供作为证据，更不愿将技术信息送关相关部门进行鉴定，这就造成行为人侵犯商业秘密证据上存在问题。确实在侵犯商业秘密罪的诉讼中，不可避免地会有许多人介入并知悉商业秘密，如法官、公诉人、辩护人、鉴定人、书记员、法警等，如果这类人员擅自披露或者使用该商业秘密，同样会形成商业秘密的第二次侵害。权利人的这种顾虑是可以理解的，可以规定上述人员的保密义务和失密责任，打消权利人的这种顾虑，并让权利人知道只有通过打击犯罪才能更全面有效地保护商业秘密。另一方面表现为公安机关调查取证难。商业秘密是一种未经登记的依靠权利人通过保密方式予以保持的无形资产，具有秘密性、隐蔽性等特点。但是随着电子网络的飞快发展，行为人侵犯商业秘密行为的隐蔽性在不断地增强，很多侵犯商业秘密的行为通过网络传输，犯罪分子作案后一般都会将泄露的资料进行处理，由于电子证据通过网络传播的易灭失性和隐蔽性，给公安机关在取证和证据保全上带来很大的问题。在民事诉讼中，最高人民法院为解决商业秘密举证难问题，在《关于全国部分法院知识产权审判工作座谈会纪要》中肯定了“举证责任倒置”的原则，即决定由被告对获取商业秘密途径或者方式进行举证，如果“被告不能提供或拒不提供其所使用的信息系合法获得或使用”的证据，则可认定被告有侵权行为。显然，这种举证责任倒置的推定方式不能适用于刑事诉讼。在刑事诉讼中，公安机关有“收集能够证实犯罪嫌疑人有罪或者无罪，犯罪情节轻重的各种证据”的职责，如果公安机关无法收集被告人有罪的证据，根据我国现行刑法“无罪推定”的原则，不应当认定被告人有罪和科以刑罚。权利人只能通过民事途径要求行为人承担侵权的民事责任。

（2）对行为人泄露的信息是否属商业秘密的鉴定问题。如果具备鉴定的条件的话，有关技术信息应当委托专业权威部门进行鉴定。因为在审查行为人泄露的技术信息是否属商业秘密时，往往会涉及很复杂的技术问题，法官对这类专业技术又知之甚少，如何来认定该专业技术属商业秘密，仅凭法官的主观推断和简单比较吗？那是绝对不可以的。在这种情况下，专业权威的鉴定就显得尤为重要。因为专业人员对专业技术的国内外最新情况比较了解，其通过对资料检索并进行对比分析后得出的结论，具有一定的科学性和客观性。如果不进行权威鉴定，如何达到刑事案件“证据确实、充分”的要求？进行鉴定也并非意味着法官对鉴定结论必须全盘采信。法官是中立裁判者，据以定案的鉴定结论必须进行当庭质证并听取双方意见后，结合其他证据进行全面审查判断后决定是否采信。