专项资金是指具有专门用途的资金，是国家为了发展、扶持某项事业而专门设立的。专项资金反映了国家在一段时期内对经济的调控、扶持政策，一般具有较强的政策性和时效性。比如在1998年用于抗洪救灾、在2003年用于抗击非典以及在2008年用于在汶川地震中抗震救灾以及奥运场馆建设、拉动内需、对新农村建设的投入等等。

对专项资金进行审计，应该是对专项资金使用项目从立项到验收等全过程进行监督。也就是说，应该监督项目的立项、设计、申报、资金划拨、工程施工、峻工验收等所有环节。审计部门对专项资金的审计，是落实国家政策，促进加强专项资金管理，提高专项资金使用效益，保障专项资金安全的重要手段之一。

但是，审计人员也常常发现，目前专项资金在使用过程中一般存在着截留、挤占、挪用、设小金库等问题，往往造成工程质量不达标、资金使用效益不佳、滋生腐败、影响社会安定等严重后果。为了查处违纪行为，预防犯罪，充分发挥审计职责，审计人员可采取以下几种方法开展专项资金审计：项目跟踪审查法（看是否截留）专项资金是根据具体项目经过专项审批后设立的。资金既是检查的重点，又是专项资金活动的具体体现。在审计过程中，有必要对项目从开始立项到资金拨付及使用情况整个过程进行追踪审查。要对照项目审批文件中规定的资金额度、用途、到位、管理、使用等多个环节进行核对。用顺查法一步一步、一笔一笔，按照运行轨迹审查。虽然工作繁琐，但只有这样，才可以全面、有效地判断资金来源、到位、拨付和使用等方面是否合规、合法，从而查清项目资金在整个经济活动过程中存在的问题，避免固有的审计风险。

项目支出审查法（看是否挤占挪用）专项资金支出审计是体现资金使用效果的重要环节，审计时应以资金支出为主线，顺藤摸瓜。首先要审计支出凭证，辨别真伪。在对其真实性确定后，再对其合法性进行审计。审计通常可以通过内查外调，同时可以利用对使用单位进行查询、核对外调等方法进行查证。如对农民的各种补贴，可深入到农户家中调查，也可通过电话查询，这种办法行之有效。

账外资金审查法（看是否设置小金库）专项资金是很容易被挪用并用来设置小金库的。

怎样才能有效地监督这些对国计民生有重大影响的资金呢？如下几点可供参考：通过查账和询问，弄清单位专项资金的开户情况和专项资金总量情况，核对发生额之和是否吻合。查专项资金银行对账单与专项资金银行存款账期末余额是否一致，着重对未达账款进行调整，掌握专项资金的全部情况，以利追根溯源，确保专项资金的安全完整。对项目施工单位的工程收入进行核对，重点是看是否出具了能够与项目资金核对相符的正式发票，资金是否进入单位账簿，有无返还或者提供信息费、服务费等情况。