具体而言，侦查阶段的非法证据排除规则的适用程序主要体现在以下几个方面：第一，以法律条文的形式确定了非法证据排除规则。《刑事诉讼法》第56条中规定了在侦查、审查起诉、审判时发现有应当排除的证据的，应当依法予以排除，不得作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。第二，赋予了辩护人在侦查阶段的权利和地位。《刑事诉讼法》赋予了辩护人在侦查阶段的地位，保障了犯罪嫌疑人从侦查阶段开始就能够确立律师保障其诉权。第三，讯问过程中需要录音录像。《刑事诉讼法》规定了对于可能判处无期徒刑、死刑的案件或者其他重大犯罪案件要录音录像；对于其他案件，侦查机关可以录音或者录像，也可以不录音或者录像。并且一旦录音、录像的话就要保证全程的完整。

（二）检察机关公诉阶段非法证据排除规则的适用公诉阶段，检察机关对于非法证据排除规则的适用主要有以下几点：

1、程序的启动。检察机关在自行审查时如果发现存在非法证据的，要依法予以排除；除了依职权外，在侦查阶段还可以依申请排除非法证据，申请人即为当事人及其辩护人、诉讼代理人。此外，依照申请排除非法证据的，需要上述人员提供材料或者线索证明涉及非法证据获取的人员、时间、地点、内容以及方式等。

2、审查程序。如果排除非法证据是检察机关依职权启动的，那么要经过检察长的批准后调查核实；如果非法证据的排除是依据当事人的申请启动的，并且符合申请条件的当事人提供了涉及非法证据取证的线索，检察机关首先要做的是整合申请提交的线索，在整合的过程中若不能够证据获取的途径是合法的，那么需要报请检察长批准进行调查核实。

（三）庭审程序中非法证据排除规则的适用

1、一审庭审程序中非法证据排除规则的适用在一审的庭审过程中，通过依职权和依申请两种方式来排除非法证据。由法官在审判过程中收集到的证据的法律性质，将开始按照职权调查证据的合法性。在这种模式下，启动的主体是审判人员，因为审判人员有确保案件审理是客观公正的义务，在庭审中就体现为启动非法证据排除规则；另外一种依申请启动的庭审非法证据排除。在《最高人民法院司法解释》中规定了“法院向被告人及其辩护人送达起诉书副本时，应当告知其申请排除非法证据的，应当在开庭审理前提出，但在庭审期间才发现相关线索或者材料的除外。”可以看出，申请排除非法证据的时间是和案件的审理时间相一致，但一旦在庭审过程中发现非法获取的证据，也是允许在庭审期间申请排除非法证据，主要是为了最大限度的保障当事人诉权。

2、二审庭审程序中非法证据排除规则的适用如果申请上诉或者抗诉的唯一原因是非法证据所致，那么二审法院需按照刑事诉讼法第54条的规定审查是否存在的非法收集证据的情形，若有则应予排除；如果以非法证据作为申请上诉、抗诉理由之一的，或在二审案件的审判过程中，并且也符合刑事诉讼法第54条规定的非法证据情形的，也应被排除在外。