审计机关在预算执行或财政决算审计中，经常会遇到行政事业单位的税收违法行为，如房屋出租收入、销售收入不进行纳税申报，乡镇政府收取的乡镇企业承包费、租赁费收入不按规定进行纳税申报，不按规定履行个人所得税代扣代缴义务等，这些违法行为因为发生在预算执行过程中，审计人员一般称之为违反财政收支的行为。《》第三条规定：接受审计监督的财政收支，是指依照《》和国家其他有关规定，纳入预算管理的收入和支出，以及预算外资金的收入和支出。《》第四十五条规定：对本级各部门（含直属单位）和下级政府违反预算的行为或者其他违反国家规定的财政收支行为，审计机关、人民政府或者有关主管部门在法定职权范围内，依照法律、行政法规的规定，区别情况采取下列处理措施：（一）责令限期缴纳应当上缴的款项；（二）责令限期退还被侵占的国有资产；（三）责令限期退还违法所得；（四）责令按照国家统一的会计制度的有关规定进行处理；（五）其他处理措施。第四十六条规定：对被审计单位违反国家规定的财务收支行为，审计机关、人民政府或者有关主管部门在法定职权范围内，依照法律、行政法规的规定，区别情况采取前条规定的处理措施，并可以依法给予处罚。据此，对审计机关在财政收支审计中发现的税收违法行为如何处理，目前存在两种观点：

一种观点认为，既然财政收支都是国家的资金，出现税收违法行为，应采取纠正措施，不应该再进行审计处罚，如果处罚，等于是国家自己处罚自己，没有实际意义。其主张应按照《》第五十二条对本级各部门（各直属单位）和下级政府违反预算的行为或者其他违反国家规定的财政收支行为，审计机关在法定的职权范围内，区别情况对违法取得的资产按照以下规定处理：（一）责令限期缴纳、上缴应当缴纳或者上缴的财政收入；（对漏交税金的行为），或者按该条第五款：采取其他纠正措施（对未按规定履行个人所得税代扣代缴义务的行为，责令补扣补收并上缴税务机关）的规定，只处理，不处罚。认为税收征管法及其实施细则中规定的处理处罚条款，只适用财务收支审计中发现的税收违法行为。

另一种观点认为，对税收违法行为的处理不应区分财政收支审计或财务收支审计，只要发生税收违法行为，不管是国家机关、行政事业单位还是企业组织或个人，都应该依照税收法律、法规予以处理处罚，以体现法律面前一视同仁，审计处理应依据《中华人民共和国税收征管法》、《税收征管法实施细则》等税收法规的有关规定进行处理和处罚。

笔者倾向第二种观点。因为，《税收征管法》第二条明确规定：凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法，《税收征管法实施细则》第二条也明确规定：凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用税收征管法及本细则；税收征管法及本细则没有规定的，依照其他有关税收法律、行政法规的规定执行。《》第四条后款规定：审计机关以法律、法规和国家其他有关财政收支、财务收支的规定为审计评价和处理、处罚依据。这就从立法的角度，确立了财政收支中税收违法行为的审计处理，必须按税收征管法及其实施细则的规定进行处理和处罚。加之财政收支与财务收支本来就没有绝对的界限，很多资金的收支从国家的角度是财政收支，但从具体核算单位的角度又变成了财务收支。因此在对税收违法行为进行审计处理时没必要再区分财政收支审计或财务收支审计。