对于存疑不起诉案件中的被不起诉人是否有权请求赔偿的问题目前没有明确规定。最高人民法院和最高人民检察院的认识不一，理论界和实务界的观点也相距甚远，主要有以下两种对立的观点：

一)国家对存疑不起诉中的被不起诉人不承担刑事赔偿责任

多数实务工作者和部分学者主张国家对存疑不起诉案件中的被不起诉人不承担刑事赔偿责任，主要理由归纳有以下几点为：

1、作出存疑不起诉和批准逮捕是两个独立的诉讼决定，不起诉决定并不否定前面的诉讼行为。存疑不起诉的结果尽管也是以犯罪嫌疑人无罪而结束刑事诉讼，但不能因此否定先前作出的逮捕决定，两者都是对案件的一种阶段性评价，如果因为后来查明证据的变化而否定先前作出的决定，而要求作出决定的机关和办案人员承担责任，这于情于理都是令人难以接受的。对于当时符合逮捕条件的犯罪嫌疑人实施逮捕，但最终因为证据发生变化而认为是无罪的，在这种情况下，对犯罪嫌疑人的羁押是合法的羁押，国家不应承担赔偿责任；

2、存疑不诉其实质是对案件所作暂时不起诉处分，并非对案件的实体处分，不能作为被羁押的犯罪嫌疑人无罪的最终结论。也就是说，之所以不能起诉是由于证据上的瑕疵，导致不符合起诉条件，它与法院的无罪判决有着本质上的区别。在存疑不起诉的情形中，被不起诉人仍然存在着有罪或无罪两种可能；

3、存疑不起诉不属于《国家赔偿法》规定的赔偿范围，因此亦不符合赔偿的条件。由于国家赔偿法的制定和实施早于刑事诉讼法的修订，对存疑案件是否应当给予赔偿，《国家赔偿法》没有明确的规定，之后又没有这方面的补充规定，无法可依；

4、“疑罪从无”的后果并不意味着必然要求对被不起诉人进行赔偿。按照“疑罪从无”原则处理的案件，毕竟不同于已经查明了确系无辜的无罪，刑事诉讼保护人权的精神并不是以国家赔偿来衡量的，不起诉与是否对捕后的被不起诉人给予国家赔偿是两种不同性质的问题，对捕后的被不起诉人是否予以赔偿，应只取决于逮捕的正确与否；

二)国家对存疑不起诉中的被不起诉人承担刑事赔偿责任而多数学者和部分实务工作者却主张国家对存疑不起诉案件中的被不起诉人承担刑事赔偿责任，认为：

1、对国家赔偿法的理解和解释，应注重时代性，与时俱进，而不能拘泥于立法时的本意。基于此，对国家赔偿法第15条第2项规定的“没有犯罪事实”的理解，理应包括事实上没有犯罪事实和法律上没有犯罪事实两种情况。惟有此，方能使被捕的法律意义上的无辜者可以获得救济，不仅有利于对公民权利的保障，亦与国家赔偿法的立法精神相符合，否则，有悖国家赔偿法“强化人权保障”的意旨；

2、对存疑不起诉予以国家赔偿，是严格贯彻“疑罪从无”原则和注重“保障人权”的现代诉讼文明的要求。存疑不起诉中的被不起诉人，在客观上其可能有罪也可能无罪，法律之所以作出这种选择，是在惩罚犯罪和保护人权权衡利弊后作出的一种明智而又理性的选择，这种选择也是符合当今社会法治的潮流。即使某些被不起诉人在事实上是有罪的，但没有证据去证实，也应将其视为无罪，作为客观上无罪一样对待。否则，极有可能重新陷入“疑罪从有”的怪圈；

3、是保障被追诉者合法权益的需要，也是追诉机关的职责使然。