承包人要求支付工程款，发包人主张工程质量不符合合同约定给其造成损害的，应按以下情形分别处理：

(1)建设工程已经竣工验收合格，或虽未经竣工验收，但发包人已实际使用，工程存在的质量问题一般应属于工程质量保修的范围，发包人以此为由要求拒付或减付工程款的，对其质量抗辩不予支持，但确因承包人原因导致工程的地基基础工程或主体结构质量不合格的除外;发包人反诉或另行起诉要求承包人承担保修责任或者赔偿修复费用等实际损失的，按建设工程保修的相关规定处理。

(2)工程尚未进行竣工验收且未交付使用，发包人以工程质量不符合合同约定为由要求拒付或减付工程款的，可以按抗辩处理;发包人要求承包人支付违约金或者赔偿修理、返工或改建费用的，应告知其提起反诉或另行起诉。

(3)发包人要求承包人赔偿因工程质量不符合合同约定而造成的其他财产或者人身损害的；应告知其提起反诉或另行起诉。

一、建设工程合同无效的法律后果有哪些

建设工程合同无效的法律后果有：

1、不支付工程款。建设工程施工合同无效，修复后的建设工程竣工验收不合格，承包人要求支付工程价款的，不予支持；

2、发包人因建设工程不合格而承担相应的民事责任，发包人有过错的，也应当承担相应的民事责任；

3、当事人取得的非法所得，以承包人非法分包、非法分包建设项目或者不合格的实际施工人的名义与他人签订建设合同，导致建设合同无效的，人民法院可以收取当事人取得的非法所得；

4、在施工过程中取得资质的，按有效合同处理。

二、包工合同要留意什么

一般需要注意的事项如下：

一审查合同主体。承包人应当注意审查发包人资质，建设用地是否已经批准是否列入投资计划规划、设计是否得到批准是否进行了招标等；

发包人如果属于分包人，审查其是否具有分包资格，发包人的实力、已完成的工程、市场信誉度、施工所需资金是否已经落实或可能落实等。发包人应注意审查承包人的资质，已完成工程的质量、评价等。

二明确约定合同内容。如，工程范围，建设工期，工程质量，工程保修，工程造价的计算方式，技术资料交付时间，材料和设备供应责任，工程进度款的拨款和结算，竣工验收的技术标准等；

质量保修范围和质量保证期，违约责任，争议解决方式等。建设施工合同涉及的金额大，周期长，涉及的专业问题也比较多，如果有条件，建议及时咨询律师，委托专业律师起草、审核合同。