保证合同诉讼时效的处理原则有：

第一、时效从属原则。即主债务诉讼时效期间的中断或者中止的法律后果，其效力当然及于保证人；

在诉讼中不单独审查债权人对保证人的诉讼时效，只要对债务人(即主合同)的诉讼时效期间未完成的，将保证人列为共同被告，判令其承担保证责任。

第二、时效独立原则。即主债务诉讼时效期间的中断或者中止的法律后果，其效力并不当然及于保证人；

在诉讼中需要单独审查债权人对保证人的诉讼时效，对时效届满的，或者不列为共同被告，或者列为共同被告而判决其不承担保证责任。

一、保证责任免除有哪些情形

保证责任免除有以下情形：

1、在担保期间，债权人允许债务人转让债务的，应当取得担保人的书面同意，担保人不再对未经其同意转让的债务承担担保责任；

2、债权人与债务人协议变更主合同的，应当取得保证人书面同意。未经保证人书面同意，保证人不再承担保证责任。保证合同另有约定的，按约定执行；

3、一般担保人与债权人未约定担保期限的，担保期限为主债务履行期满之日起六个月。在合同约定的保证期和前款规定的保证期内，债权人未向债务人提起诉讼或者申请仲裁的，保证人免除保证责任；债权人提起诉讼或者申请仲裁的，保证期内适用中断诉讼时效的规定；

4、连带责任担保的担保人和债权人未约定担保期限的，债权人有权要求担保人自履行债务期限届满之日起六个月内承担担保责任。债权人未要求保证人在合同约定的保证期和前款规定的保证期内承担保证责任的，保证人免除保证责任；

5、如果主合同当事人串通骗取担保人提供担保，或者主合同债权人采取欺诈使担保人在违背真实意的情况下提供担保的，担保人不承担担保责任。

二、保证期间中断的情形有什么呢

保证期间虽不属于除斥期间，但有与除斥期间相同的“除权”的效果。除权是不发生中断问题的，所以保证期间不因任何事由发生中断。但在特殊情况下，适用诉讼时效中断的规定的观点。

一般保证的债权人在保证期间届满前对债务人提起诉讼或者申请仲裁的，从保证人拒绝承担保证责任的权利消灭之日起，开始计算保证债务的诉讼时效。

连带责任保证的债权人在保证期间届满前请求保证人承担保证责任的，从债权人请求保证人承担保证责任之日起，开始计算保证债务的诉讼时效。