1、自行协商解决；

2、由第三方调解（例如人民调解委员会）；

3、向法院依法起诉。

如果依法订有明确的仲裁协议，则应当依法申请仲裁。合同对争议解决有明确约定，且不违反国家强制性规定的，按照合同约定解决。

一、确认股东出资无效由哪级法院管辖

实践中，确认股东出资无效一般来说直接在公司的登记地进行法院起诉，或者是在营业的地方进行起诉也可以

1、在实践中，公司主要办事机构一般是指公司董事会等重要机构。因为董事会是公司的经营管理决策机构，对外代表公司的。

2、在实践中，公司主要办事机构一般也指公司的主要营业地。主要办事机构，可能在登记地，也可能在营业地，而营业地可能有多个主要的营业地、次要的营业地。但是会出现如下问题：

（1）主要和次要营业地难以区分，主要营业地未必是主要办事机构所在地。这样往往会发生管辖异议。

（2）增加了原告的取证难度。原告起诉时必须去实地勘察营业地，并取得照片等初步证据。

3、登记地具有唯一性，一般以登记地为当然管辖地。

公司可以建立多处生产、营业场所，但是经公司登记机关登记的公司住所只能有一个，应当是在为其登记的公司登记机关的辖区内。营业地也可以管辖，对方提出管辖异议的，经查该营业地是主要办事机构所在地的，可以继续管辖，经查该营业地不是主要办事机构的，应当移送登记地管辖或主要办事机构所在地管辖。

二、确认股东资格无效的程序如何进行

1、建议在公司章程中设置限制瑕疵出资股东权利的条款

公司章程中可以设置限制瑕疵出资股东权利的条款，对未依法履行出资义务的股东，约定其仅有权按照其实缴的出资享有表决权、利润分配请求权，在其按章程约定履行完毕出资义务前，不享有新股优先认购权、剩余财产分配权。

2、建议在公司章程中设置股东失权条款

所谓股东失权是指公司对于怠于履行出资义务的股东，可以催告其在一定期限内缴纳出资，逾期仍不缴纳的即丧失其股东权利。

公司章程可以设置股东失权条款，根据上述规定，需经催告程序及股东会决议程序解除股东资格，并应注意解除股东资格的股东会决议的表决权比例及排除瑕疵出资股东的表决权。