1、公诉机关指控被告人侵犯商业秘密的举证难

这种举证难主要表现在两个方面：一方面表现为权利人的不配合。往往权利人对其拥有的商业秘密不愿提供作为证据，更不愿将技术信息送关相关部门进行鉴定，这就造成行为人侵犯商业秘密证据上存在问题。

2、对行为人泄露的信息是否属商业秘密的鉴定问题

如果具备鉴定的条件的话，有关技术信息应当委托专业权威部门进行鉴定。因为在审查行为人泄露的技术信息是否属商业秘密时，往往会涉及很复杂的技术问题，法官对这类专业技术又知之甚少，如何来认定该专业技术属商业秘密。在这种情况下，专业权威的鉴定就显得尤为重要。因为专业人员对专业技术的国内外最新情况比较了解，其通过对资料检索并进行对比分析后得出的结论，具有一定的科学性和客观性。法官是中立裁判者，据以定案的鉴定结论必须进行当庭质证并听取双方意见后，结合其他证据进行全面审查判断后决定是否采信。

一、侵犯专利和侵犯商业秘密罪有什么区别

侵犯商业秘密罪与假冒注册商标罪、假冒专利罪、侵犯著作权罪有相似之处，都侵犯了知识产权，主要区别在于：首先，侵犯商业秘密罪侵犯的是商业秘密;而其他犯罪侵犯的是商标权、专利权与著作权。其次，侵犯商业秘密罪行为主要表现为以不法手段获取商业秘密，或者非法披露、使用或允许他人使用商业秘密;而其他犯罪主要表现为假冒行为。对于以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取他人商业秘密，然后使用该商业秘密制造产品并假冒他人注册商标的，原则上应以数罪论处。对于单纯非法使用他人商业秘密制造产品并假冒他人注册商标的，应认定为一行为触犯了数罪名，以一个重罪论处。

公司、企业工作人员因为职务或者业务知悉商业秘密内容后，擅自将商业秘密出卖给他人，并将非法所得据为已有或者使第三者所有的，似应根据情节与主体身份，认定为贪污罪或者职务侵占罪。

二、侵犯商业秘密罪怎么定罪量刑

《刑法》第二百一十九条规定：

有下列侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有限徒刑，并处罚金：

(一)以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人们商业秘密的;

(二)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的;

(三)违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。

明知或者应知前款所列行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密的，以侵犯商业秘密罪论处。

本条所称商业秘密，是指不为公众所悉，能为权利人带来经济利益，具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。

本条所称权利人，是指商业秘密的所有人和经商业秘密所有人许可的商业秘密使用人。

《刑法》第二百二十条

单位犯本节第二百一十三条至第二百一十九条规定之罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本节各该条的规定处罚。