1、公司这么做是为了在发生劳动争议的时候少支付加班工资或者补偿金等。劳动者的实际工资比劳动合同的工资高，劳动者务必要保存实际工资水平的证据，尤其是现金支付工资，务必保存好工资单。如果有劳动争议，公司往往会按劳动合同主张工资标准。如果劳动者不能证明实际工资水平的，仲裁委会按劳动合同确定工资标准，这样加班工资，补偿金等都会变少。

2、公司应当按照实际工资缴纳社保，如果按劳动合同上的工资缴纳社保，就少缴了，可以去社保局投诉，社保局可以责令公司补缴社保。公司少缴社保，劳动者可以单方解除劳动合同并要求支付经济补偿金。

3、《社会保险法》第八十六条

用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。

一、员工工资包括什么？

职工工资总额指各单位在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额。按照国家统计局1989年9月30日发布的《关于工资总额组成的规定》第4条：工资总额由下列六个部分组成：

1、计件工资；

2、奖金；

3、计时工资；

4、津贴和补贴；

5、加班加点工资；

6、特殊情况下支付的工资。

二、单位扣发员工工资合法吗？

用人单位是否可以扣发劳动者的工资，要视具体情况而定。

我国劳动法第50条规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。这一规定是对劳动者工资报酬权的法律保护。所谓“克扣”，是指用人单位无正当理由，扣减劳动者的应得工资。用人单位克扣劳动者工资的行为，有两方面的标准，一是看劳动者是否提供了正常的劳动；二是看用人单位是否有正当的理由。如果劳动者按照劳动合同的约定，提供了无过错的正常劳动，而用人单位又不具有扣除工资的法定理由的，就属于克扣劳动者工资。克扣劳动者工资的行为是违法行为，是对劳动者工资权的侵犯。

1、用人单位不得克扣劳动者工资，有下列情形之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

(1)用人单位代扣代缴的劳动者个人所得税；

(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项保险费用；

(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

该规定第16条还规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，要求劳动者赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。上述代扣劳动者工资的情况，不得视为克扣工资。

2、根据劳动部的有关规定，下列减发工资的情况也不得视为克扣工资：

(1)国家法律、法规中有明确规定的；

(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的；

(3)用人单位依法制定并经职工代表大会批准的厂规、厂纪中有明确规定的；

(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的，但支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准；

(5)因劳动者请假等原因相应减发工资。