事业单位财务清算是指事业单位由于发生隶属关系变动、合并、重组和撤消等原因，需要终止其业务活动时，应对该单位的财产、债权、债务进行全面的清理，提出财产作价依据以及债权、债务处理办法，并妥善处理好各方面的遗留问题。事业单位财务清算与事业单位解散撤消是两个不同的概念，清算不一定都要解散，而解散一般都应进行清算。事业单位财务清算是市场经济中的一种正常经济现象。

一、事业单位财务清算一般只有普通清算

从单位清算结果分析，可分为普通清算和特别清算两种。所谓普通清算，是指单位经清算机构清算完毕，资产超过负债，单位投资主体还能分得该单位的剩余财产。普通清算由清算委员会主持进行。所谓特别清算，是指经清算机构对单位的财产和债权、债务进行全面清算后，发现单位资产不抵负债，这样就需另按(破产法)有关规定对单位进行破产处理;通常是在清算机构发现单位资产不抵清算债务时，立即停止清算，并按程序向人民法院申请宣告破产。经法院裁定单位破产后，清算事务即移交法院处理，清算按破产程序进行。特别清算除清算委员会外，还必须召开债权人会议，必须有监理人和检查人进行破产清算的监督。

从事业单位的非盈利性性质和事业单位财务清算的原因进行分析，事业单位一般只有普通财务清算，没有特别财务清算;或者说事业单位的财务清算无普通清算与特别清算之分。

二、财务清算必须在财政部门和国有资产管理部门的监督指导下进行

从我国目前和今后相当长的历史阶段来看，事业单位的投资主体和经费来源，仍然主要是财政拨款。虽然在市场经济条件下，国家将逐步改变包办一切事业的做法，鼓励社会力量和个人兴办各项事业，但是对那些只有社会效益而无明显经济效益的事业、代表社会共同利益和长远利益的事业、不能够或者不便于由市场调节的非盈利性事业，例如基础教育、基础研究、地震预测预报、计划生育和其他社会公益事业等，还是只能通过国家财政拨款来支持。这样，我国绝大多数事业单位的财产物资属于国有资产，尽管一些单位由于种种原因需要进行财务清算，但它们属国家所有的性质绝不能因此发生变化。事业单位无论是因隶属关系发生变动或转为企业单位，还是重组、合并、撤消，都必须保障国有资产的完整与安全，决不允许由于单位财务清算而发生国有资产流失。因此，事业单位的财务清算必须在财政部门和国有资产管理部门的监督指导下进行。