行政诉讼中能申请管辖权异议。如果法院已经受理案件，被告应当在收到起诉状副本之日起的十五日内提出管辖权异议。在法院审查后，如果认为异议成立的，应将案件移送给有管辖权的人民法院；异议不成立的，则裁定驳回。

申请管辖权异议应注意的问题

管辖权异议既可以是对地域管辖提出的，也可以是对级别管辖提出的，但是法院对二者的处理方式不同：

（一）地域管辖权异议人民法院对当事人提出的管辖权异议，经审查认为异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的人民法院审理；异议不能成立的，裁定驳回异议。当事人对裁定不服的，可以在收到裁定书之日起10日内向上一级人民法院提起上诉。

（二）级别管辖是上下级法院之间就一审案件审理方面的分工。各高级人民法院根据经济纠纷案件诉讼标的金额分级确定管辖法院的规定，虽不是法律规定和司法解释，但一经批准，即应当认真执行。当事人就级别管辖权提出管辖异议的，受诉法院应认真审查，确无管辖权的，应将案件移送有管辖权的法院，并告知当事人，但不作裁定。受诉法院拒不移送，当事人向其上级法院反映情况并就此提出异议的，上级法院应当调查了解，认真研究，并作出相应的决定，如情况属实确有必要移送的，应当通知下级法院将案件移送有管辖权的法院；对下级法院拒不移送，作出实体判决的，上级法院应当以程序违法为由撤销下级法院的判决，并将案件移送有管辖权的法院。同时还应以违反审判纪律对有关人员作出严肃处理。

《最高人民法院关于适用中华人民共和国行政诉讼法的解释》第十条

人民法院受理案件后，被告提出管辖异议的，应当在收到起诉状副本之日起十五日内提出。

对当事人提出的管辖异议，人民法院应当进行审查。异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的人民法院；异议不成立的，裁定驳回。

人民法院对管辖异议审查后确定有管辖权的，不因当事人增加或者变更诉讼请求等改变管辖，但违反级别管辖、专属管辖规定的除外。

第十一条

有下列情形之一的，人民法院不予审查：

（一）人民法院发回重审或者按第一审程序再审的案件，当事人提出管辖异议的；

（二）当事人在第一审程序中未按照法律规定的期限和形式提出管辖异议，在第二审程序中提出的。