然而，事业单位会计与财务管理改革滞后，导致事业单位财务管理存在诸多问题。随着事业单位改革的深入，一些事业单位被完全推向市场，一些事业单位被国家赋予一定的管理社会公共事务的职能。随着政府新公共财政体制框架的建立和政府经济职能“市场化”的加强，作为完善政府职能的辅助部门，事业单位的内外部环境发生了重大变化。它正逐步从单纯的“公益性”向“综合性”转变。其市场化程度也进一步加强，服务对象、服务方式和资金获取渠道都比过去有所改善，发生了很大变化。2006年新企业会计准则的颁布，进一步完善了与我国国情和国际惯例相适应的企业会计法律法规体系。然而，我国事业单位财务管理仍沿用上世纪90年代的《事业单位财务规则》，财务管理滞后，有明显的计划经济体制痕迹。事业单位财务管理的日常实践相对单调、简单，与实际发展的复杂性存在很大矛盾，导致事业单位财务管理出现各种问题。二是事业单位改革过程中的财务管理问题。

事业单位财务管理完全市场化，已经脱离事业单位财务管理的范围。尚未投放市场的事业单位，依然保留着计划经济的痕迹。也就是说，金融保障水平低，允许机构进行一些收费或业务服务，甚至一些机构设立下属企业来弥补资金的不足。这样，事业单位的资金来源更加广泛，财政拨款、业务收入、营业收入、所属单位支付的收入等渠道使资金管理越来越困难。国家对事业单位财务管理实行预算绩效考核，强调预算管理，资金使用效率低下。在计划经济条件下，我国金融是一种普惠性金融，政府主导一切，金融通过直接分配实现政府目标。公共机构缺乏足够的资金来源和使用的独立决策权。它只是政府目标的实施工具，不需要对资金使用所产生的效益负责。财务管理相对简单，主要是预算编制、预算执行和预算监督。但在市场经济条件下，事业单位作为一个独立的法人，其资金来源、营业收入和相应的投资权都比较多，无疑会参与市场竞争的过程，使事业单位的财务管理不再局限于预算管理。但是，现行的财务管理体制仍侧重于预算资金的使用。一方面，它为事业单位创收开辟了一条道路。另一方面，不能真正按照企业模式运作，迫使事业单位更注重预算执行而不注重经济效益，很少考虑行政成本，成本核算粗放，也使得事业单位很少做出相关财务决策，资本效率明显偏低。财政收支改革还不够。

事业单位收支两条线是改革的必然要求。财政体制改革提出事业单位收支两条线。由于部分事业单位税收与非税收入定位不清，部分事业单位仍存在一些自立现象。事业单位部分资金特别是营业收入脱离财政监管，非税收入管理制度有待进一步完善。资金来源多，全面预算不完善。

由于预算编制的不科学性，一些事业单位人为地将部分经营性资金排除在预算管理之外，可能导致小金库。事业单位的人事经费和部分业务经营。

资金不足，导致资金使用不规范。

在我国一些事业单位，国家只给予政策保护，人事经费、部分业务项目经费等财政预算资金严重不足。从预算的角度看，首先要保证人员经费的支出，经费不足导致经费的滥用。部分单位因经营收入不足或者不足，从维护稳定的角度使用资金的项目资金和基本建设资金，应当给予人员补助。固定资产管理不规范。由于事业单位没有将国有资产有效地划分为经营性资产和非经营性资产，事业单位的经营收入就是将这部分资源用于科技服务，创造一定的财富，弥补公共资金的不足。从国有资产构成看，不均衡，资产的购买人、使用人、维护人不一致，必然导致国有资产流失，对单位资产的经营和资产的保值增值缺乏有效的监督，以及不合理的成本支出。

7。财务人员财务管理意识淡薄，财务岗位权责弱化。