对于地理标志和原产地名称的管理和保护，我国目前存在有两种不同的管理模式和途经：

第一种是由国家工商行政管理总局商标局依照《商标法》、《商标法实施条例》进行管理和保护。我国自1995年3月1日实施的《集体商标、证明商标注册和管理办法》中对证明商标的明确定义提到原产地概念并受理原产地证明商标的申请以来，开始将原产地名称纳入证明商标范畴实施保护已有多年时间，1999年以前我国在对地理标志的保护上，《商标法》一直居主导地位。

另一种是由国家质量检验监督总局依照《原产地域产品保护规定》从1999年8月开始实施，目的在于弥补仅根据《商标法》来对原产地域产品实施保护所存在着缺陷，目前开始逐步受到重视。

上述两种保护和管理模式的区别如下：

(1)以商标保护形式认为：

TRIPS协议强调知识产权私权地位，而地理标志属于知识产权范畴，地理标志(原产地名称)是一种表明商品来源的标记，在法律属性上属于知识产权范畴，是一种私权，通过商标制度保护地理标志完全符合TRIPS协议的要求。我国商标法所定义的地理标志与TRIPS协议的定义基本一致，都是包含原产地的特征的特殊的地理标志，应当适用《商标法》进行保护；

地理标志和商标的基本功能相同，均为区别商品来源的商业标记，商标类别中的证明商标除了标示来源之外，还有表示商品质量的作用，与地理标志尤其是原产地名称的作用完全相同，故而可以接纳为证明商标的一种形式；

从证明商标的定义上看，在我国地理标志(原产地名称)属于证明商标的范畴。对原产地证明商标进行注册保护，可以有效地提高产品在国内、国际市场上的知名度和竞争力。

通过证明商标形式保护地理标志(原产地名称)使现有商标法律制度充分发挥作用，无须投入过多的资源，比建立一个新的制度容易得多；

地理标志(原产地名称)只有在国内注册证明商标后，才可以依据我国加入的国际条约(《商标国际注册马德里协定》和《马德里协定有关议定书》)，去实现国际注册，并且可以充分利用有关优先权的规定，及早获得国际注册，有利于商标注册人在国内、国际贸易中运用法律武器保护自身权益。按照国际惯例，在原产地名称与商标权发生冲突时，必须执行“申请在先”原则，所以，我国现在运用较成熟的商标注册、管理体系来对原产地证明商标进行保护，既可以发挥现有体系和人员优势，可以节省单独设立专管部门的物质和人力资源，又可以充分利用完备的注册商标档案体系，避免原产地证明商标和已注册在先商标权的冲突。

(2)而以质量保护形式认为：

原产地名称和商标的属性截然不同，原产地域标志是一个地域的名称，属于这个地域共有，而不能由某个特定企业或个人独占。而商标是私权，可由个人或单个企业所有。以商标形式保护原产地域标志无法解决产权归属问题。

地理标志是一特殊种类的商业标志，和商标的区别就在于并不是由其所属的某个经营者独家享有专用权，而是由某一地区内经营者的代表机构进行注册和管理，凡是该地域内的经营者都可以使用；

地理标志具有惟一性，不得转让和买卖，在时间上具有永久性。而商标则可以自由转让，权利保护也是有时间限制的。故此商标法的保护无法保证地理标志的惟一性和永久性。

地理标志不仅仅是一个简单的识别标志，同时也是一种质量标准，而商标法在管理制度和方法上无法保证产品的质量和信誉。对原产地名称的保护一方面是对标识的保护，但更重要的是对质量的监督和生产过程的控制。