商业承兑汇票的风险完全是以商业信用为基础，无需向银行圈存资金。由于开具商业承兑汇票无需经过严格的审查，也无严格监督管理，仅以企业信用为基础，存在着极大的风险,企业应特别注意商业承兑汇票的风险防范：

1、尽可能只接受有良好商业信用的大型企业的商业承兑汇票，或是接受关联企业的商业承兑汇票，不接受商业信用无保障的客户开具的商业承兑汇票;

2、商业承兑汇票的承兑期不能太长，由于市场经济环境下企业的经营风险无时不在，对客户未来的商业信用无法预期;

3、要求客户出具见票即付的商业承兑汇票;

4、对于经过背书的商业承兑汇票，可以先行向票据付款人提示付款并获得对应款项，然后再向客户(其票据法上的身份是出票人或者背书人)发货;

5、对于客户出具的远期商业承兑汇票，可在发货前向开展相关业务的商业银行进行贴现，贴现的条件是放弃追索权;

6、要求客户出具由银行加贴保贴函的商业承兑汇票，可在发货后再行向出具保贴函的银行进行贴现。

商业承兑汇票与银行承兑汇票最大的不同就是承兑人不同，其次商业承兑汇票和银行承兑汇票的承兑信用也是不同，商业承兑汇票是商业信用，银行承兑汇票是银行信用。相比而言，商业承兑汇票贴现难度较银行承兑汇票贴现难度大。许多企业利用商业承兑汇票贴现融资，解决了许多资金周转困难，其到期承兑使其社会信用得到有效提高，而商业承兑汇票贴现相当于从银行获得变相贷款额度。商业承兑汇票风险较大，是基于基于企业双方的良好信用的基础之上进行交易。而票据法规不尽完善，使内控制度不严密，企业提供担保流于形式、重复担保等方面原因，商业承兑汇票风险得不到有效防控，以致最后承兑无法兑现。商业承兑汇票贴现交易最先注意的是不是有真实的贸易背景，在当前融资性票据占据票据市场半壁江山的时代，其合理认定及适度规模控制是汇票市场发展的必然趋势。商业承兑汇票交易过程中，要求客户出具见票即付的商业承兑汇票，出卖货物一方的商业企业可以先行向票据付款人提示付款并获得对应款项，然后再向客户(其票据法上的身份是出票人或者背书人)发货。应建立保证金制度和担保、抵押制度，保证金不低于票面的30%以促进企业到期能够足额付款。现在，多数企业都在银行加贴保贴函，建立健全承兑汇票保证金制度。这样无论是到期承兑还是未到期贴现，都多了更广的流通渠道和转现的可能。