(一)以行为人是否具有不移交刑事案件的故意区分罪与非罪

构成徇私舞弊不移交刑事案件罪，要求行为人主观上具有不移交刑事案件的故意，具体地讲，即行为人明知他人的行为已构成犯罪而出于私情或私利，不将案件移交司法机关追究刑事责任。所谓徇私，即为了私情而做不合法的事，往往表现为贪图钱财、女色、袒护亲友、照顾关系、或者为徇其它私情私利。如果不移交刑事案件这一现象背后没有徇私情、私利，不是出于故意，而是对案件性质认识错误，或者因工作失误不移交的，不构成本罪。

在具体查处案件时应注意以下两个问题：

1、查证不移交刑事案件时行为人是否具有徇私，既不能仅以事后的主观推断，也不能以事后行为人的辩解来确定，而应重证据，重调查研究，以事实来认定行为人的主观故意内容。

2、不能以案件经过逐级审批，或经过集体讨论而不追究责任人员的刑事责任，否则会放纵犯罪。对经过审批或集体讨论的不移交案件，应查明具体承办人员是否具有徇私隐瞒事实真象、弄虚作假等情况，还要查明主要决策人是否具有徇私而故意误导或者擅自作出不移交刑事案件的决定。

(二)以不移交刑事案件是否属于情节严重区分罪与非罪

情节严重是构成徇私舞弊不移交刑事案件罪的法定要件，即不移交刑事案件情节严重的以犯罪论处，否则，属于一般的违法行为，可根据不同情况予以党纪政纪处分。1999年9月16日，最高人民检察院公布并施行的《人民检察院直接受理立案标准的规定(试行)》中规定，对徇私舞弊不移交刑事案件涉嫌下列情形之一的，应予立案：

1、对依法可判处3年以上有期徒刑、无期徒刑、死刑的犯罪案件不移交的。

2、3次以上不移交犯罪案件，或者一次不移交犯罪案件涉及3名以上犯罪嫌疑人的。

3、司法机关发现并提出意见后，无正当理由仍然不予移交的。

4、以罚代刑，放纵犯罪嫌疑人，致使犯罪嫌疑人继续进行违法犯罪活动的。

5、行政执法部门主管领导阻止移交的。

6、隐瞒、毁灭证据，伪造材料，改变刑事案件性质的。

7、直接负责的主管人员和其他直接责任人员为牟取本单位私利而不移交刑事案件，情节严重的。

8、其他情节严重的。

上述应予立案的8种情形，是对本罪中情节严重的具体诠释，以便于司法人员在查处案件时把握、认定罪与非罪的界限。