一、法院鉴定被告协议的程序

1、委托：

(1)司法鉴定机构接受司法机关、仲裁机构的司法鉴定委托。

(2)在诉讼案件中，在当事人负有举证责任的情况下，司法鉴定机构也可以接受当事人的司法鉴定委托。当事人委托司法鉴定时一般通过律师事务所进行。

2、受理：

司法鉴定机构收到委托书后，应对委托人的委托事项进行审核，并作出如下决定：

(1)对于符合受理条件的，能够即时决定受理的，司法鉴定机构应当与委托人签订《司法鉴定委托受理合同》;

(2)不能即时决定受理的，应当向委托人出具《司法鉴定委托材料收领单》，在收领委托材料之日起7日内对是否受理作出决定;

3、初次鉴定

司法鉴定机构接受委托后，由司法鉴定机构指定的司法鉴定人、或者由委托人申请并经司法鉴定机构同意的司法鉴定人完成委托事项。

4、复核鉴定

对鉴定结论有异议需进行复核鉴定的，其他资质较高的司法鉴定机构可以接受委托，进行复核鉴定。复核鉴定除需提交鉴定材料外，还应提交原司法鉴定文书。

5、司法鉴定文书的出具

司法鉴定机构在法定或者约定的鉴定期限内完成司法鉴定后，应当按时出具司法鉴定文书。司法鉴定文书正本一式三份，其中一份交委托人，两份由司法鉴定机构存档。

二、司法鉴定费用标准是多少

1、不超过10万元的，按照《司法鉴定收费项目和收费标准基准价(试行)》所列收费标准执行。

2、超过10万元至50万元的部分，按照1%收取。

3、超过50万元至100万元的部分，按照1.8%收取。

4、超过100万元至200万元的部分，按照0.6%收取。

5、超过200万元至500万元的部分，按照0.4%收取。

三、民事司法鉴定的时效是多久?

1、鉴定机构应当在与委托人签订司法鉴定协议书之日起三十个工作日内完成委托事项的鉴定。但是，在实际的鉴定实践中，往往比这个规定的时间要长，有的到四十五天，或者两个月。因此，以鉴定会完成后，实际通知的时间为准。

2、如果委托鉴定的内容，涉及复杂、疑难、特殊的技术问题或者检验过程需要较长时间的，经鉴定机构负责人批准，完成鉴定的时间可以延长，延长时间一般不得超过三十个工作日。也就是说两个月应当是延长过的鉴定期限了。如果鉴定机构还要把时间后拖的，如果没有其他特殊情况，应当属于超时鉴定的违规行为。患者及其家属应当积极督促鉴定机构出具鉴定结论。