原因：

1.财政部门介入项目选报等前期工作滞后。在实际工作中，均是由计委筛选审定项目，财政部门尤其是市、县级财政部门根本就没有参与，直到资金下来才知道情况，这样难以体现财政对投资的分配职能和财政投资的导向作用，对后期的项目管理、资金拨付、财务监督工作带来了困难和麻烦。

2.项目责任主体不明确。项目的实施基本上是成立临时指挥部和项目办公室，人员从部门选派，责任人一般由市、县级政府领导担任，项目完成后就被撤销，其法律责任主体不明确，导致了使用资金的随意性和违法违纪问题的发生。

3.配套资金难以到位。由于地方财政困难，难以落实配套资金，使项目难以按进度和设计全面完成。项目实施中应当执行的优惠政策，如土地、税收等，不但没有执行到位，甚至从项目资金中多征、多收，使项目资金变成地方收入。

4.项目单位内部财务管理混乱。部分项目单位没有认真执行基本建设财务管理，实行专户、专账、专人管理;部分单位财会人员素质不高，甚至没有会计从业资格，或者临时抽调财会人员，会计基础工作薄弱，无法实施有效的会计监督和管理;还有部分单位，没有建立内部牵制制度，缺乏有效的制约机制，开支混乱，随意性大。

5.拨款渠道多，财政难以全面实施监管。在资金拨付渠道上，有的通过地方财政，但有的则是通过中央主管部门直接提供，资金直接到主管部门和项目单位，如水利、交通、粮库、电网等行业国债资金，给地方财政部门加强资金管理、财务管理，报送报表带来一定的困难。

6.对项目监管不严。对于项目的招标、投标，财政、计委未能实施有效的监督，工程的预决算没有经过财政部门的审查，在项目的执行过程中，财政部门也未能进行跟踪监督，难以做到按进度拨款，导致了资金使用效益不高和违法违纪行为的发生。

管理方法：

1.加强项目组织管理，明确项目法律责任主体。一是要科学界定财政与计委在项目申报上的职能分工。财政部门作为国家宏观调控的职能部门，不能只充当出纳的角色，要对投资领域的项目决策、资金配置有发言权，要参与投资项目的前期研究和项目评估，参与项目投资概算的确定和招标、投标工作，参与工程取费标准和定额制定等比较全面的项目管理工作，充分发挥财政部门的职能作用，对此，财政部、财政厅应对申报程序做出专门规定，彻底改变项目申报由计委单独运作的被动局面。二是要明确项目法律主体。在当前的情况下，宜实行项目办主任作为项目法人，并签订责任状，承担项目全过程监管职责，像常设单位法人一样，承担法律责任，并实行终身制。

2.加强会计基础工作，严格监督检查。一是实行项目会计委派制。由于工程项目办是临时机构，财务管理是一个薄弱环节，而国债项目是政府性投资，应当实行会计委派制，这符合《会计法》的规定。二是实行项目专管员制。要赋予专管员必要的职权，项目单位的每一项开支必须由专管员审核后，方可报法人签字报账;财政基建拨款，必须由专管员提出意见后，方能拨付;并且要明确专管员的法律责任。三是加强财务管理。要建立内部牵制制度，并严格按制度执行，同时实行专账、专户、专人管理，严格搞好会计核算，保证会计信息的真实和完整。四是加强监督检查。在加强管理的同时，也不可忽视监督检查，财政部门要组织专班，也可联合纪委、监察、计委、审计等部门组织专班，开展专项检查，发现问题要严肃处理，切实保证国债资金专款专用，发挥效益。

3.强化项目资金管理，提高资金的使用效益。一是严格拨款程序。要把提高资金的使用效益和财政监督贯穿于拨付过程中，可采取两种拨付方法。第一种方式是按预算、按进度拨款，工程款支付累计金额达到工程造价的90%时停止拨付资金，以财政部门审核的竣工决算为依据，待工程竣工后结算。建设资金控制在批准的项目总概算范围内，凡超出批准概算的，不再追加政府投资;对个别由于设计不合理或非人为等原因必须调整概算投资的，应严格按规定的程序并经批准方可实施。第二种方式是实行提款报账制。引入先进的管理办法，实行提款报账制，由项目单位先垫付资金，再按项目的完工情况，到财政部门审核报账，这样能有效地保证配套资金的落实，避免资金被截留挪用。二是要切实落实项目配套资金。落实好地方配套资金，是全面完成项目任务的重要保证。承诺筹措资金的单位必须按照项目进度将资金同比例到位。在当前地方财政十分困难的前提下，应想方设法多渠道筹资。三是规范拨款渠道。项目资金原则上全部通过地方财政部门拨付，不能多渠道拨付，这样有利于地方财政部门全面加强管理，及时上报有关情况。

4.加强基建程序管理，严格“三算”监管。一是要严格实行项目法人责任制、工程招标制、工程建设监理制，确保工程质量。在工程的招标中，要坚持“公开、公平、公正”的原则和打破地方、部门保护，不得弄虚作假、收受贿赂、搞钱权交易，不得层层转包和违法分包。二是强化项目的“三算”监管。对项目的“三算”监管，是财政部门加强项目管理，提高资金使用效益的切入点。通过监管，可以达到降低工程造价、避免资金缺口、节约建设资金的目的。监管的内容包括项目的前期工作、工程预算，工程招标标底、工程价款结算，重大设计变更、工程竣工财务结算等。