该企业申报的是一笔金额为40万元的预付账款损失，企业提供了有关核算资料和原始凭证、相关经济行为的业务合同、企业内部核批文件以及税务师事务所出具的鉴证等，作为货币资产损失报批。具体情况是，2005年5月，该企业与上海W工业配套公司签订经济合同，由W公司为企业的化工反应炉等设备进行清洗，合同金额为140万元。在该企业预付40万元后，W公司已经履行了合同劳务，但是随后双方为质保期限等问题发生分歧，尾款100万元一直没有给付，施工方W公司也没有开具发票。由于没有合范的凭证入账，40万元预付账款已经挂账3年以上，企业由此作为坏账损失申报扣除。

《》第十条规定，企业按规定向税务机关报送资产损失税前扣除申请时，均应提供能够证明资产损失确属已实际发生的合法证据，包括具有法律效力的外部证据和特定事项的企业内部证据等。

第十一条规定，具有法律效力的外部证据，是指司法机关、行政机关、专业技术鉴定部门等依法出具的与本企业资产损失相关的具有法律效力的书面文件，主要包括：(一)司法机关的判决或者裁定;(二)公安机关的立案结案证明、回复;(三)工商部门出具的注销、吊销及停业证明;(四)企业的破产清算公告或清偿文件;(五)行政机关的公文;(六)国家及授权专业技术鉴定部门的鉴定报告;(七)具有法定资质的中介机构的经济鉴定证明;(八)经济仲裁机构的仲裁文书;(九)保险公司对投保资产出具的出险单、理赔计算单等;(十)符合法律条件的其他证据。

第十六条规定，企业应收、预付账款发生符合坏账损失条件的，申请坏账损失税前扣除，应提供下列相关依据：(一)法院的破产公告和破产清算的清偿文件;(二)法院的败诉判决书、裁决书，或者胜诉但被法院裁定终(中)止执行的法律文书;(三)工商部门的注销、吊销证明;(四)政府部门有关撤销、责令关闭的行政决定文件;(五)公安等有关部门的死亡、失踪证明;(六)逾期3年以上及已无力清偿债务的确凿证明;(七)与债务人的债务重组协议及其相关证明;(八)其他相关证明。

根据上述规定分析：

第一，该笔坏账损失是由于经济纠纷产生，按照《企业资产损失税前扣除管理办法》第十条、第十一条、第十六条规定申请资产损失税前扣除时，该企业应提供司法机关、行政机关、专业技术鉴定部门等依法出具的与本企业资产损失相关的具有法律效力的书面文件，而该企业只提供了内部证据，没有提供具有法律效力的外部证据。

第二，该笔损失的实质是企业的生产成本已经发生，但是因为客户不开具发票，没有合法规范的原始凭证，不能正常列支。

第三，经济纠纷发生后，该企业应当采取仲裁或者诉讼等司法或者准司法手段处理，由此产生的法律文书可以作为外部证据申报税前扣除。因而，在没有充分的外部证据之前，该笔预付账款损失不能税前扣除。