公司克扣员工工资的处理方式如下：

1、员工可以和用人单位协商，要求其足额支付工资；

2、或者请工会或者第三方共同与用人单位协商，协商不成的，则可以向国家劳动部门投诉，或者申请劳动仲裁。

一、克扣工资后员工申请劳动仲裁程序如下：

1、准备劳动仲裁材料，如申请书；劳动关系成立证明；拖欠工资证据等；

2、确定劳动仲裁机构后，向劳动仲裁机构提交材料，申请劳动仲裁；

3、劳动仲裁机构对申请材料进行审查，符合仲裁条件，受理案件，确定开庭的时间。

二、申请劳动仲裁后的结果如下：

1、调解，申请劳动仲裁，需要向当地的仲裁委员会提交仲裁申请书。若双方当事人均同意调解的，会先行组织调解。经过调解达成一致意见后，仲裁委员会会做出调解书，此时程序终止；

2、撤诉。申请人在仲裁期间若不想进行劳动仲裁之后，可以自行撤诉。若开庭申请人无正当理由不到庭的，可会按照撤诉处理。撤诉之后，仲裁委都会出具仲裁决定书；

3、裁决。调解不成的，申请人在仲裁期间也没有提出撤诉时，仲裁委会在规定的时间内做出仲裁裁决书。仲裁裁决之后并非案件的终结，若申请人不服或者被申请人对裁决结果不认可时，可以自行到人民法院起诉。

总之，公司克扣员工工资的，员工可以向劳动局申请仲裁。用人单位拖欠或者不足额支付劳动报酬的，员工可以依法申请人民法院作出支付令，要求用人单位足额支付相应的劳动报酬。用人单位应当按照劳动合同的规定，及时支付，逾期未支付的，劳动者可以向人民法院申请强制执行。

公司克扣员工工资怎么办？需要什么证据

克扣工资所需要的证据，包括劳动合同、工资单、当事人陈述、同事的证言等证据。“克扣工资”是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资报酬（即在劳动者已提供正常劳动的前提下，用人单位按劳动合同约定的标准应支付给劳动者的全额工资）的行为。用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资的，劳动保障监察部门可责令其支付应支付劳动者工资报酬及其1至5倍的赔偿金。由此而发生劳动争议，当事人申诉至劳动争议仲裁委员会的，仲裁委员会可要求用人单位支付劳动者应支付的工资报酬及其25％的经济补偿。

《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以向人民法院申请依法发出支付令，要求用人单位足额支付劳动报酬。