建设工程结算纠纷的原因有：

1、建设工程招投标程序中的违法行为；

2、招投标程序中的串标、泄露标底的行为；

3、缺乏有效的诚信机制；

4、法制缺陷留下造成逃废工程款的漏洞。

一、工程完工后发现串标应该怎样处理

工程完工后发现串标应该处理方法：

1、串联投标是招标投标的专业术语，是指投标人或投标人与招标人串通骗取中标。串联投标是一种投机行为，其根源是工程建设领域乃至全社会缺乏诚信。由于政府、企业和公众的诚信，工程建设中的各种不良和违法行为屡见不鲜；

2、开标前，招标人应打开投标文件，并将投标情况告知其他投标人，或协助投标人更换投标文件并更改报价，招标人应向投标人披露投标底部，招标人同意在投标过程中降低或提高投标价格，中标后向投标人或招标人补偿。

二、建筑工程合同不备案有什么影响

备案不是效力性强制规定，不备案的合同仍可以是有效的合同。备案与否在工程款结算方面有很大影响。

对于经过招投标程序的建设工程施工合同，其在自投标人中标时就已成立。法律并未规定需经登记备案才生效。

这条规定是国家政府管理部门为了严格管理和监督建设工程合同而采取的行政管理方法。

设立这种备案制度，并不是中标合同必须经过行政部门审查批准才生效，而是确定以经过备案的中标合同作为承包人与发包人双方之间结算工程款的依据。

三、阴阳合同是怎样体现的

1、阴阳合同的特点：

阴阳合同

(又称黑白合同)并非法律术语，其概念主要明确于《招标投标法》颁行之后。

“阳合同”为建设单位、施工单位按照《招标投标法》的规定，依据招投标文件签订的在建设工程管理部门备案的建设工程施工合同。其主要特点为：经过合法的招投标程序，该合同在建设工程管理部门备案，形式合法。

“阴合同”是双方为规避政府管理，私下签订的建设工程施工合同，未经过合法的招投标程序且该合同未在建设工程行政管理部门备案。其与“阳合同”相对比，主要特点为：在建设工程管理部门未进行备案或变更登记。

2、我国法律对阴阳合同纠纷的相关规定：

2005年1月1日实施的最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条明确规定，以备案中中标合同作为结算工程款的依据，这为司法实践中处理此类纠纷统一了法律尺度。

但《招标投标法》适用于合同订立过程，对合同履行过程不产生约束力，而“阴阳合同”多出现于合同订立阶段，该司法解释也并没有直接否认“阴合同”的效力，故又不能以是否办理备案手续作为判定合同效力的决定性因素，因此没有排除和限制《民法典》赋予当事人依法变更合同的权利。中标合同履行中，客观情况的变化不可避免地导致了合同约定的价款、质量和工期等内容变更，这是当事人缔约自由和意思自治原则的体现，据此应按照变更后的履行。

(二)二手房买卖出现的阴阳合同：

在实践中，“阴阳合同”大量出现。如在二手房交易中，“阴合同”显示买卖双方真实的成交价格，而“阳合同”则根据使用需要有所不同;

阴阳合同在二手房交易中常出现的形式：

一种是虚高的房价合同交给银行，以申请更多按揭贷款;另一种是填低房价的合同交给房地产交易中心过户，以便少交税。实际交易中，买卖双方为达到避税或其他目的，向有关部门登记时用一张合同，通过少报价格或少报面积的方式，降低买卖合同标的，报低价格少纳税，称为“阳合同”;卖家与买家另签一份合同，作为实际支付交易金额的合约并实际履行，称为“阴合同”。

“阴阳合同”不仅使国家税收蒙受损失，而且动摇社会对诚信经营、履约和纳税的信心，扰乱市场经济秩序。实践中，鉴于买卖双方签订“阴阳合同”的行为严重违反了我国税收管理规定，有关部门查实后，如果属于一般偷税行为，行政机关有权给予罚款、拘留等行政处罚;如果偷税数额较大、次数较多，则可能构成犯罪。同时，买卖双方签订“阴阳合同”后，虽然也可能有一部分人侥幸蒙混过关，但由于这类合同大多都存在未经登记、很不规范、约定不明甚至只是口头约定等情况，履行过程中很容易出现矛盾。