1、退回补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限

2、对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。也就是说，案件经过一次补充侦查，人民检察院认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定；如果经过两次补充侦查，仍然证据不足，不符合起诉条件的人民检察院应当作出不起诉决定。

3、人民检察院对已经退回公安机关二次补充侦查的案件，在审查起诉中又发现新的犯罪事实，应当移送公安机关立案侦查；对已经查清的犯罪事实，应当依法提起公诉。

审查起诉阶段补充侦查的条件

1、补充侦查的形式。根据刑事诉讼法第140条第2款的规定，人民检察院审查起诉的案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查；也可以自行侦查，必要时可以要求公安机关提供协助。

2、补充侦查的期限和次数。根据刑事诉讼法第140条第3款的规定，对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。这既指退回公安机关补充侦查的案件，也包括人民检察院自侦案件中决定退回补充侦查的案件。

3、经过一次退回补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。如果案件经过两次退回补充侦查，仍然证据不足，不符合起诉条件的，人民检察院应当作出不起诉决定。

如果司法机关在关押犯罪嫌疑人时有超期羁押的情况后，当事人也是可以申请解除强制措施的，因为超期羁押也是会在一定程度上危害到犯罪嫌疑人的合法权益，那么在无法解除强制措施时，犯罪嫌疑人也是可以向司法机关提出取保候审或者监视居住等处罚措施的。

《刑事诉讼法》第一百七十五条规定，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。