一般工程合同逾期扣违约金应根据是否有约定，分为不同的处理方式。双方对逾期付款违约金有约定的，按合同里约定的计算方式执行。当事人对逾期付款违约金没有约定的，当事人没有主张的不予支持；若当事人主张的，按照中国人民银行同期同类贷款利率计算违约金。

（一）：双方对逾期付款违约金有约定。根据合同自治原则，双方当事人在合同中约定了违约金的计算方式，该约定不违反法律规定的，一般从其约定。但是若该约定过高或过低，应如何处理，也存在着不同意见。

就一般案件而言，逾期付款的损失主要是利息损失，有的法官主张若双方约定的违约金不超过中国人民银行同期同类贷款利率的四倍一般不认为是过高，不予调整，超过中国人民银行同期同类贷款利率的四倍的，调整为中国人民银行同期同类贷款利率的四倍，民间借贷的利率可以适当高于银行的利率，各地人民法院可根据本地区的实际情况具体掌握，但最高不得超过银行同类贷款利率的四倍（包含利率本数）。超出此限度的，超出部分的利息不予保护。

（二）当事人对逾期付款违约金没有约定的，当事人没有主张的不予支持；若当事人主张的，按照中国人民银行同期同类贷款利率计算违约金。

一、几种处理方式存在的问题

1、按照中国人民银行同期同类贷款利率的四倍对违约金过高的进行调整，该意见明确是关于审理借贷案件的指导意见，在商事审判中是否可以参照适用存在争议。

2、关于按照中国人民银行同期同类贷款利率计算违约金，该方式也是参照民间借贷的有关规定，在商事审判中适用也没有明确的法律依据。

3、关于按照中国人民银行同期同类贷款利率的130％计算违约金，虽然相关法律规定：当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为过分高于造成的损失，但认定原告的利息损失就是中国人民银行同期同类贷款利率，理由如上述似乎并不充分。

二、工程合同逾期付款违约金的计算原则

1、合同对违约金有具体约定的按约定，对违约金无约定或约定不明确的，按没有约定处理。

2、违约金的计算依据是合同总价。

3、约定违约金数额一般以不超过合同未履行部分的价金总额为限。

《民法典》第五百八十五条：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。