食品案件中违法所得数额的认定应以全部销售收入计算。

首先，以全部销售收入计算更能体现公平原则。《食品安全法》第八十六条“违反本法规定，有下列情形之一的，由有关主管部门按照各自职责分工，没收违法所得、违法生产经营的食品和用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品;违法生产经营的食品货值金额不足一万元的，并处二千元以上五万元以下罚款;货值金额一万元以上的，并处货值金额二倍以上五倍以下罚款;情节严重的，责令停产停业，直至吊销许可证……”等条款皆有违反本法规定的，没收违法所得、违法生产经营的食品等内容。两个行政相对人违法行为相同、性质一样，如都是经营未经动物卫生监督机构检疫的肉类，一个将所有的肉类在未加价(即未产生利润)的情况下销售完毕，一个所有的肉类还在仓库尚未销售。按照第一种意见，在违法产品销售完毕的情况下受到的处罚只是罚款，对销售出去的销售收入无需没收;而在违法产品没有销售的情况下，受到的处罚却不只是单纯的罚款，还要没收违法产品，这等于变相地减轻了对违法产品已销售行为的处罚。

其次，以全部销售收入计算更能体现对危害性行为的严惩。违法产品已销售的，说明社会危害性已开始向外蔓延、开始扩散;违法产品未销售的，说明社会危害性还未向外扩散、还在可控范围之内。如果按照第一种观点进行处罚，那么，就会出现对社会危害性比较严重的违法行为处罚比对社会危害性比较轻的违法行为处罚更轻，从而鼓励了当事人进一步违法，这显然有违行政处罚的宗旨和目的。

第三，当当事人以低于成本价销售违法产品产生负利润时，若按照第一种意见“违法所得=(销售单价-进货单价)×销售数量”的公式计算，行政机关要没收违法所得是不是还应当对当事人的负利润进行补贴，这显然是荒谬的。

而主张扣除进货成本的观点认为，以销售收入作为违法所得，违背了处罚法定的原则，侵犯了当事人的合法财产权，即认为当事人投入的成本属于合法财产。

笔者认为，这种观点不能自圆其说，合法的财产在用于从事违法行为时，就已经失去了合法性，就不再属于合法财产，这是笔者的基本观点。我们经常见到公安机关在查办案件时，会报告“现场查获多少毒资、多少赌资”等等，这说明，任何私人拥有的合法财产，在投入用于违法行为时，都失去了合法性。

其次，这种观点认为，没收食品、原料和工具并非投入的成本，是为了取缔其违法经营行为。这就更加荒谬了。当事人所经营的食品、原料和工具，有哪一样不是当事人投入的成本呢?当事人购进一批食品，难道没有投入了“合法财产”吗?所以这是自相矛盾的说法。再看这种观点，认为没收食品、原料和工具，是基于经营活动违法，是为了取缔和制止这种违法行为。说的好，因为经营活动违法，所以这些食品、原料和工具就具有了违法性质，就不再具备合法性，即使投入的成本也不再具有合法性，因此要没收，这不是和前面我的观点一致了吗?既然违法经营的食品都要没收，那么销售违法是食品的收入为何又不全部没收呢?这就矛盾了!这个销售收入同样是基于经营活动的违法是具有了违法性，因此，扣除所谓的“合法财产投入”是站不住脚的。没收销售收入和没收违法经营的食品、原料、工具，从逻辑上具有一致性。