借款协议与实际履行不符一般按照协议履行。实际履行与合同约定不一致而双方都不表示反对并且已经都实际履行了，就应当属于意思自治的原则。实际履行，又称实物履行原则，是指经济合同当事人必须严格按照合同所规定的标的去履行自己义务的原则。它包括两层含义：

(1)经济合同中规定的是什么标的，当事人就必须交付什么标的，不得擅自更换，不能用其他物品或金钱来代偿；

(2)在经济合同当事人一方违反合同的情况下，违约方即使支付了违约金或赔偿金，也不能免除其履行合同的责任，如果受害方要求违约方继续履行合同的，违约方还应按照合同规定的标的继续履行。

合同约定与实际履行不一致怎么处理

新的《民法典》于2021年1月1日生效，《民法典》第五百七十七条【违约责任】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

第五百八十二条【瑕疵履行违约责任】履行不符合约定的，应当按照当事人的约定承担违约责任。对违约责任没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，受损害方根据标的的性质以及损失的大小，可以合理选择请求对方承担修理、重作、更换、退货、减少价款或者报酬等违约责任。

若在合同履行过程中，一方未经另一方同意，擅自改变了合同约定内容而履行的，且另一方不接受该履行行为，那么改变履行的一方属于履行瑕疵或履行错误，需承担违约责任，还需按照合同约定重新履行。

若在合同履行过程中，一方改变合同约定内容而履行，且另一方同意，并接受。这种情况属于合同双方当事人在合同履行过程中改变了合同原约定的内容。属于新的合意，具有法律效力，应当以实际履行为准。

如在劳动合同纠纷中，公司发给劳动者的工资单、岗位变化通知等。因为随着劳动合同的持续履行，劳动合同双方的权利义务本身就必然会不断变化。随着劳动者工作时间的增加，其休假、奖金标准发生的自然变化等等，都属于劳动合同的变更。因此，对于依法变更劳动合同的，只要能够通过文字记载或者其他形式证明的，可以视为“书面变更”，按实际履行为准。