商业40年土地使用权是否会被国家收回需要分情况来看：

1、如果国家没有其他的规划，房屋业主再重新缴土地出让金，相当于续租；

2、建设用地使用权期间届满前，因公共利益需要提前收回该土地的，应当依照相关规定对该土地上的房屋及其他不动产给予补偿，并退还相应的出让金。

国有土地使用权的收回怎么处理

国有土地使用权的收回流程具体如下：

1、拟定收回方案。市县级国土部门根据市县级政府机关的批准对用地文件进行修改，拟定对被征收土地上的居民或企业的搬迁申请或制作本国土部门决定收回国有土地的处理意见，拟定收回国有土地使用权的具体方案，并且将拟定收回国有土地使用权的方案及事项，以公告或其他可以确保拟被收回人知悉的形式进行通知，并在通知时一并告知其享有听证的权利；

2、组织听证。国有土地现使用权人在接到收回国有土地使用权的通知后，应当在一定期限内向发布收回国有土地使用权通知的国土部门要求进行听证；

3、审批方案。国土部门在组织听证后，根据听证会上各方发表的意见拟定收回国有土地使用权的方案，并在法定期限内将其拟定的方案连同听证会的记录，上报给批准收回国有土地使用权的市县政府进行审批。

4、补偿。对通过划拨无偿取得国有土地使用权的使用权人，因搬迁需要收回国有土地使用权的，除因使用期限届满或被征收人自身存在严重违法情形外，应当对被征收人给予补偿。对其他以出让形式取得国有土地使用权的被征收人，因公共利益需要确需收回国有土地使用权的，应当由被征收人选择进行货币补偿、回迁安置或安置加货币补偿的形式；

5、下达收回决定。市县级政府批准了收回国有土地使用权方案后，由国土部门在批准之日起根据该方案在一定期限内，向被征收人下达《收回国有土地使用权决定书》，并同时告知被征收国有土地使用权人享有申请复议和提起诉讼的法定权利。

6、注销登记。区县国土部门在下达了《收回国有土地使用权决定书》后，原登记发放国有土地适用证的机关即可注销土地登记，同时应当在显著位置对收回国有土地使用权证的行为进行公告，并在期限内将国有土地使用权证收回。

根据《城市房地产管理法》第21条，土地使用权出让合同约定的使用年限届满，如果土地使用者未申请续期或未按法定期限申请续期；

以及根据社会公共利益的需要，国家未批准其续期申请，土地使用权由国家无偿收回。