土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。

开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。

一、房地产项目清算费用条件

因房地产项目时间比较长，大部分房地产企业是按预收款的一定的比例预交的土地增值税。土地增值税项目清算，就是对符合清算条件的项目进行清算。

1、凡符合下列情况之一的，纳税人应到主管地方税务机关办理土地增值税清算手续：

（1）全部竣工并销售完毕的房地产开发项目。

（2）整体转让未竣工的房地产开发项目。

（3）直接转让土地使用权的项目。

（4）纳税人申请注销税务登记的房地产开发项目。

2、符合下列情况之一的，主管地方税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：

（1）纳税人开发的房地产开发项目已通过竣工验收，在整个预（销）售的房地产开发建筑面积达到可销售总建筑面积的比例85％（含）以上的。

（2）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的。

（3）经主管地方税务机关进行纳税评估发现问题后，认为需要办理土地增值税清算的房地产开发项目。

相关法律规定：

《建设工程价款结算暂行办法》

第十一条：工程价款结算应按合同约定办理，合同未作约定或约定不明的，发、承包双方应依照下列规定与文件协商处理：

（一）国家有关法律、法规和规章制度；

（二）国务院建设行政主管部门、省、自治区、直辖市或有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法等有关规定；

（三）建设项目的合同、补充协议、变更签证和现场签证，以及经发、承包人认可的其他有效文件；

（四）其他可依据的材料。

二、总分公司之间的税务管理问题

1、如果分公司与总公司由同一税务机关管理，税务机关对于分公司采用备案制，分公司无法取得自己单独的税务登记证。因而无法自己开具发票。如果分公司可以自己取得税务登记证，由于不动产发票的购领需要提供房屋预售证与规划许可证，经过与税务机关的沟通，常规情况下，提供总公司的预售证与规划许可证是无法领购分公司抬头的发票。

因而，我们可以得出结论，常规情况下，由于项目立项、规划、施工、预售都是总公司的抬头，是无法以分公司名义开具发票对外经营。只能以总公司名义购领发票对外销售。

2、分公司对外支付成本费用，取得分公司抬头的票据，企业所得税是明确的，不存在税务风险。但是土地增值税对于这种问题没有明确的规定，土地增值税以立项或者规划分期作为清算单位，而立项人与规划人都是总公司，因而总公司是土地增值税清算人，这时发票是分公司存在着瑕疵。由于土地增值税涉税金额巨大，目前经过与多位税务实操官员的沟通，部分认同可以参照企业所得税的规定，而部分则提醒存在着不确定性的税务风险。

如果收入以总公司名义开票确认，成本取得分公司抬头发票，这种情况需要个案处理存在很大的不确定性。

因而综上所述，如果土地增值税风险可以提前沟通明确，则可以以分公司支付成本取得发票。

否则，则应以总公司的名义进行运作，以总公司的名义开具多个帐号、制作多个合同专用章或者多个公章，并以数字进行标识，以划清内部的权利与义务。仅项目开发业务不需要成立分公司进行运作。

项目开发外的业务可以通过分公司的名义运作。

三、小规模纳税人5% 税率适用情形

小规模纳税人征收率５％适用以下几种情况1、房地产开发企业中的小规模纳税人，销售自行开发的房地产项目。2、小规模纳税人转让2016年4月30日前取得的土地使用权，可以选择适用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用减去取得该土地使用权的原价后的余额为销售额，按照5％的征收率计算缴纳增值税。3、小规模纳税人销售其取得（不含自建）的不动产（不含个人销售购买的住房），应以取得的全部价款和价外费用减去该项不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额为销售额，按照5％的征收率计算应纳税额；小规模纳税人销售其自建的不动产，应以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照5％的征收率计算应纳税额；个人将购买不足2年的住房对外销售的，按照5％的征收率全额缴纳增值税；个人将购买2年以上（含2年）的住房对外销售的，免征增值税；个人销售自建自用住房免征增值税。4、房地产开发企业中的小规模纳税人，出租自行开发的房地产项目。5、小规模纳税人出租其取得（含租入）的不动产。将建筑物、构筑物等不动产广告位出租给其他单位或者个人用于发布广告，按照不动产经营租赁服务缴纳增值税。个人出租住房，应按照5％的征收率减按1.5％计算应纳税额。6、小规模纳税人以经营租赁方式将土地出租给他人使用。根据《财政部、国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知》（财税〔2016〕47号）的规定，纳税人以经营租赁方式将土地出租给他人使用，按照不动产经营租赁服务缴纳增值税。因此，小规模纳税人以经营租赁方式将土地出租给他人使用，应按照不动产经营租赁服务5％的征收率计算缴纳增值税。7、小规模纳税人提供劳务派遣服务，可以选择差额纳税，以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依５％的征收率计算缴纳增值税。选择差额纳税的纳税人，向用工单位收取用于支付给劳务派遣员工工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用，不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票。8、小规模纳税人提供安全保护服务，比照提供劳务派遣服务的政策执行。