自然合伙人不用按工资薪金所得缴纳个人所得税，只需要按个体工商户的生产经营所得按季预缴按年汇算清缴个人所得税，不得扣除投资者的工资，但可按每月3500元扣除投资者减除费用，也可以扣除其他员工的工资。

二、分析

根据财政部、国家税务总局关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的法规》的通知（财税〔2000〕91号）第三条规定，个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人(以下简称投资者)；第四条规定，个人独资企业和合伙企业(以下简称企业)每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税；第六条第一项规定，投资者的费用扣除标准，由各省、自治区、直辖市地方税务局参照个人所得税法“工资、薪金所得”项目的费用扣除标准确定。投资者的工资不得在税前扣除。

根据《财政部国家税务总局关于调整个体工商户业主个人独资企业和合伙企业自然人投资者个人所得税费用扣除标准的通知》（财税〔2011〕62号）第三条规定，投资者的费用扣除标准为42000元/年（3500元/月），投资者的工资不得在税前扣除。因此在计算每个投资者的应纳税所得额时，和其自己平时在合伙企业拿的工资多少并无关系，而是将投资者工资整体调增合伙企业的生产经营所得后，按合伙人分配比例分到每个投资者了，然后由自然人投资者按照“个体工商户的生产、经营所得”计税办法计算个人所得税。

三、政策依据

财政部、国家税务总局关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的法规》的通知（财税〔2000〕91号）、《财政部国家税务总局关于调整个体工商户业主个人独资企业和合伙企业自然人投资者个人所得税费用扣除标准的通知》（财税〔2011〕62号）、《国家税务总局个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35号）、《国家税务总局关于发布生产经营所得及减免税事项有关个人所得税申报表的公告》（国家税务总局公告2015年第28号）。