公司有诉讼的，一般不可以注销。公司要经依法清算后，才能向公司登记机关申请办理注销登记。所以在公司进行诉讼时，权利义务关系尚未明确，公司的清算组也不能准确的确定公司的资产和债权债务情况，暂时不能进行注销。

一、法院公司解散程序

判决公司解散属于司法强制解散，它是指公司经营出现显著困难、重大损害或者董事、股东之间出现僵局，导致公司机构不能按照法定程序作出决策陷入无法正常运转时，依据股东的申请，由法院裁判解散公司的法律制度。

根据法律规定，判决公司解散后这样处理：

1、成立清算组。按照《公司法》的规定，公司因本法第一百八十条第(一)项、第(二)项、第(四)项、第(五)项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。

有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。

2、通知债权人。清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。

3、注销登记。清算组结束工作之后，将股东会及有关机关确认的清算报告报送公司登记机关，申请注销公司登记。

4、公告公司终止。公司注销登记后，在本公司所在地发布公司解散公告。

二、怎么注销合作社营业执照

一、企业在有负债的情况下注销营业执照的，应该通知债权人进行债权的登记，在债务清偿结束的时候就可以办理营业执照的注销手续。

二、有限责任公司营业执照注销流程一备案登记自注销解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。清算组应在成立之日起10日内将清算组成员、清算组负责人名单向公司登记机关备案，领取《公司备案通知书》。

三、怎么把公司注销掉？

注销公司流程：先到国地税所办理国地税的注销手续，然后拿着国地税的注销单去工商办理营业执照的注销手续，注销公司可能要涉及到查账问题。注销步骤：一、清算公司到登记机关办理公司注销程序之前一定要依法进行公司清算，包括终止生产经营销售活动、了结公司事务、了结民事诉讼、清理债权和债务和分配剩余财产等。公司不论是何性质的清算，均应依下列步骤展开：1、成立清算组。2、展开清算工作。清算组自成立之日起接管公司，开展以下业务：接管公司财产、了结公司未了业务、收取债权、清理债务、分配剩馀财产、注销公司法人资格并吊销营业执照。3、通知债权人申报债权。4、提出清算方案。清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，拟定提出清算方案，报股东会讨论通过或者主管机关确认。清算方案的主要内容有：清算费用、应支付的职工工资和劳动保险费、应缴纳的税款、清偿公司债务、分配剩馀财产、终结清算工作。在清算进行完以后，才能进行注销。二、登记公司注销过程需要分别去以下7个部门或机构办理相应账户注销：1、社保局：核查是否有未缴清社保费用，然后注销公司社保账号。2、税务局：核查是否有未缴清税款或费用，然后注销公司的国、地税。3、报纸媒体：公司需自行登报公示，宣告公司即将注销。4、工商局：办理公司注销备案，注销营业执照。5、开户行：注销公司开户许可证和银行基本户等其他账户。6、质监局：到质监局注销公司的许可证例如生产许可证。7、公安机关：注销公司印章的法律效应（印章本身可不上交）。