反垄断执法往往涉及当事人相关知识产权的行使与保护问题。如何既能维护自由公平的市场竞争秩序又能有效保护知识产权，这是一个重大的理论问题，也是一个在实践中需要妥善处理的问题。

《反垄断法》与知识产权保护法律分属两个完全不同的领域，但都属于国家的基本经济政策和法律制度，两者之间的关系比较复杂。一方面，两者在促进竞争、推动创新和保护消费者利益方面具有一致性，可谓殊途同归；另一方面，两者在具体方面又表现出明显的差异，甚至可能形成某种冲突。两者之间的实际冲突不是由于知识产权的拥有本身引起的，而是由于知识产权的具体行使行为引起的，并且是知识产权的不正当行使(滥用)行为引起的，即知识产权权利人在行使其权利的过程中超出了法律允许的范围或者正当的界限，不正当地排除、限制了市场竞争。

反垄断执法本来就是一项重要、复杂的任务，而在知识产权领域进行反垄断执法就更富有挑战性，这需要执法者把握好保护知识产权以激励创新和反垄断以维护竞争的度，如处理不当，容易损及创新或者限制竞争。

如何认识和处理两者的关系？不同国家、不同时期的分析和处理原则差异很大，甚至完全不同。西方发达国家和地区在这方面有一个曲折的、不断调整的发展过程。《反垄断法》第五十五条规定，经营者依照有关知识产权的法律、行政法规规定行使知识产权的行为，不适用本法；但是，经营者滥用知识产权，排除、限制竞争的行为，适用本法。这为我国在知识产权领域进行反垄断执法奠定了基本的制度基础，既体现了对知识产权的尊重和保护，又使这种权利的行使受到必要的限制。因此，《反垄断法》适用于知识产权的不正当行使行为，并不意味着对知识产权本身作为法定垄断权的基本性质的否定，而是在承认和保护这种权利的同时，防止和控制其被滥用。可以说，这个规定使得我国在继续加强知识产权保护的同时，也借鉴各国的普遍做法初步建立起了对知识产权行使行为的约束机制。

为便于明确在知识产权领域实施《反垄断法》的政策界限，提高执法的透明度，反垄断执法机构在总结经验的基础上制定了具有可操作性的执法指南或者规章，并根据情况的变化及时进行修订。一方面为反垄断执法机构的相关执法活动提供统一的指引，另一方面也为经营者行使知识产权的行为明确了合法性预期。

国家工商总局自2009年起就开始研究知识产权领域的反垄断执法指南的制定问题，在广泛征求各方面意见的基础上，草拟完成了指南的草案。鉴于我国目前出台这样的指南面临很多困难，国家工商总局拟先出台这方面的行政规章。《工商行政管理机关禁止滥用知识产权排除、限制竞争行为的规定》的征求意见稿和起草说明已经公布，其中对涉及必需设施时的拒绝许可、标准必要专利等问题的规定，较好地体现了保护知识产权与维护市场竞争的平衡。