关于司法确认案件的审查方式，应采用形式审查和有限的实体审查相结合的方式，人民法院受理司法确认案件申请后，应当指定一名审判人员进行审查，对于案情复杂，应当通知双方当事人到庭进行询问，采取必要的实质审查和证据调查。在审查中，重点应审查当事人是否符合自愿合法原则，同时审查调解协议是否违反法律或者行政法规的强制性规范，是否侵犯国家利益、社会公共利益、第三人利益、他人利益以及是否损害社会公序良俗。

一、法官如何审查合同的合法性

(一)、如何审查合同内容是否合法

企业签订合同，总是为了达到一定的经济目的。但是，只有合法的合同才能受到法律的保护，才能依法实现自己的目的。如果合同违法，就可能被认定为无效，不但不能达到签订合同的预期目的，还可能受到法律的制裁。因此，合同内容是否合法，是企业合同审查中最重要的内容。

进行合同内容合法性审查应当重点审查合同内容是否损害国家、集体或第三人的利益；是否有以合法形式掩盖非法目的的情况，是否损害社会公共利益，是否违反法律法规的规定。这几种情况是《民法典》明确规定合同无效的情况，也是企业签订合同中经常会发生的情况。

(二)、如何审查合同订立程序是否合法

审查合同订立程序是否合法，应从以下几个方面进行：

1、审查合同是否需要经过有关机关批准或登记或备案，如果有关法律、法规规定需要履行上述手续的，应审查是否履行了上述手续；

2、如合同中约定经公证合同方能生效，应审查合同是否经公证机关公证；

3、如果合同附有生效期限，应审查期限是否届至；

4、如果合同约定第三人为保证人的，应审查是否有保证人的签字或盖章，采取抵押方式担保的，如法律规定或合同要求必须办理抵押物登记的，应审查是否办理了登记手续；采取质押方式担保的，应按合同中约定的质物交付时间，审查当事人是否履行了质物交付的约定。

5、审查合同双方当事人是否在合同上签字或盖章；签名或印章上的企业名称是否和当事人姓名或者名称一致；签字人是否是企业法定代表人或其授权代表；签字盖章的方式是否符合法律规定或合同的约定等等。