原《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》规定，在计算应纳税所得额时，除国家另有规定外，企业支付给总机构的特许权使用费不得列为成本、费用和损失。

新《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(以下简称〈实施条例〉)规定，企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得扣除。

《实施条例》约束的是不具有法人资格的企业内部业务往来，而该外资企业与外国投资方属于控制与被控制的母子公司。

企业内营业机构，是指企业内不具有法人资格的营业机构。根据《国家税务总局关于规范和加强涉外企业汇总(合并)申报缴纳所得税管理有关问题的通知》(国税发[2007]23号)的规定，外商投资企业分支机构或被合并申报缴纳所得税的外国企业营业机构进行所得税税种登记时，应附送外商投资企业总机构所在地主管税务机关出具的《外商投资企业汇总申报缴纳所得税确认单》或税务机关批准外国企业营业机构合并申报缴纳所得税的审批文件的复印件，经主管税务机关审核确认后，无需分别进行所得税纳税申报。因此，该外资企业与外国投资方不属于企业内营业机构。

新《中华人民共和国企业所得税法》规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。

《实施条例》规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则，或者企业实施其他不具有合理商业目的安排的，税务机关有权在该业务发生的纳税年度起10年内，进行纳税调整。

因此，如果该外资企业支付给外国投资方的特许权使用费符合上述规定，就可税前扣除。

提取范围

《国家税务总局关于印发〈总机构提取管理费税前扣除审批办法〉的通知》(国税发[1996]177号)规定，凡具备企业法人资格和综合管理职能，并且为其下属分支机构和企业提供管理服务又无固定经营收入来源的经营管理与控制中心机构，可以按照《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》的有关规定，向下属分支机构和企业提取(分摊)总机构管理费。具有多级管理机构的企业，可以分层次计提总机构管理费。不同时具备以上条件的，不得计提总机构管理费。

同时，国税发[1996]177号文规定，总机构管理费的支出范围应严格限定在总机构所发生的与其经营管理有关的费用，其列支和扣除应按照税收法规、财务制度规定的标准执行，与经营管理无关的费用，如资本性支出、非工资奖励性支出，不得列支扣除。按比例提取总机构管理费的，必须同时实行总额控制，在总额以内的，可以据实使用;超过总额的，应调整计算征收所得税。下属企业和分支机构支付给总机构的管理费，应当提供总机构出具的有税务部门审定的管理费汇集范围、金额、分配依据和方法等证明文件，经主管税务机关审核后准予扣除，否则，不得在税前扣除。

此外，《国家税务总局关于总机构提取管理费税前扣除审批办法的补充通知》(国税函[1999]136号)规定，国税发[1996]177号文规定的凡具备企业法人资格和综合管理职能，并且为其下属分支机构和企业提供管理服务又无固定经营收入来源的总机构可以提取管理费，具体是指：

1、具备法人资格并办理税务登记的总机构;

2、总机构对所属企业和分支机构人事、财务、资金、计划、投资、经营决策实行统一管理;

3、总机构无固定性或经常性收入或者虽有固定性或经常性收入，但不足管理费支出的;

4、提取总机构管理费的，包括总分机构和母子公司体制的总机构(母公司)。对母子公司体制的，管理费提取原则上仅限于全资子公司。

提取方式

国税发[1996]177号文规定，总机构管理费的提取方式包括：按销售收入的一定比例;按确定的合理数额分摊到各企业;其他形式，如按资本金的数额按一定比例提取等。提取方式一经选择后不应变动。如果企业申请改变原有的提取方式，则必须提供详细的说明报告，送交主管税务机关审查，经同意后方可变更。按比例提取管理费的，原则上不能超过销售收入的2%。无论采取比例提取还是定额提取，都必须实行总额控制。总机构当年提取的管理费有结余的，应按规定缴纳所得税，税后部分结转下一年度使用，或经主管税务机关核准，全部结转下一年度使用并相应核减下一年度的提取比例或金额。

《国家税务总局关于进一步加强总机构提取管理费税前扣除审批管理的通知》(国税函[2005]115号)规定，总机构的各项经营性和非经营性收入，包括房屋出租收入、国债利息和存款利息收入、对外投资(包括对下属企业投资)分回的投资收益等收入，应从总机构提取税前扣除管理费数额中扣减。总机构代下属企业支付的人员工资、奖金等各项费用，应按规定在下属企业列支，不得计入总机构的管理费。

国税函[2005]115号文规定，对提取管理费的总机构应严格按规定条件进行管理，对不符合条件的，不得审批同意其提取的总机构管理费在税前扣除。总机构提取并在税前扣除的管理费，应向所有全资的下属企业(包括微利企业、亏损企业和享受减免税企业)按其总收入的同一比例进行分摊，不得在各企业间调剂税前扣除的分摊比例和数额。

税前扣除

原《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》规定，纳税人按规定支付给总机构的与本企业生产、经营有关的管理费，须提供总机构出具的管理费汇集范围、定额、分配依据和方法等证明文件，经主管税务机关审核后，准予税前扣除。

新《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(以下简称〈实施条例〉)规定，企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得税前扣除。

新《中华人民共和国企业所得税法》(以下简称新税法)属于法人所得税制，纳税人的认定是以居民企业和非居民企业为标准。新税法规定，居民企业，是指依法在中国境内成立，或者依照外国(地区)法律成立但实际管理机构在中国境内的企业。居民企业应当就其来源于中国境内、境外的所得缴纳企业所得税。居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。

新税法改变了旧《企业所得税法》以独立经济核算的企业或者组织作为纳税义务人的标准。既然不具有法人资格的分支机构不需要独立计算缴税，那么，其向总机构支付的管理费就不得税前扣除。

法人分支机构(子公司)按规定向其总机构(母公司)支付的管理费，按新税法的规定不得税前扣除。因为母、子公司之间并没有发生实际交易，子公司支付给母公司的管理费，一般应视同捐赠;在有投资关系的情况下，应推定为股息分配，不允许税前扣除。但如果总机构向其法人分支机构实际提供管理服务，并按照独立交易原则向其法人分支机构收取劳务性质的管理费，法人分支机构向其总机构购买管理服务所支付的劳务成本性质的管理费，可以税前扣除。

新税法规定，企业与其关联方之间的业务往来不符合独立交易原则而减少企业或者关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。《实施条例》规定，新税法所称合理方法包括可比非受控价格法、再销售价格法、成本加成法、交易净利润法、利润分割法以及其他符合独立交易原则的方法。