合作社亏损申请破产，应当由法定破产申请人提出申请，人民法院受理破产申请并依法裁定后宣告破产，并组织成立依照有关法律，组织有关机关及有关专业人员成立清算组，对合作社进行破产清算。

根据《农民专业合作社法》第四十八条规定，农民专业合作社破产适用《企业破产法》的有关规定。但是，破产财产在清偿破产费用和共益债务后，应当优先清偿破产前与农民成员已发生交易但尚未结清的款项。

上述规定是对合作社破产财产优先清偿顺序的规定，体现了对农民成员权益的特殊保护，包含两层意思：一是，农民专业合作社的破产财产在清偿破产费用和共益债务后，应当优先清偿破产前与农民成员已发生交易但尚未结清的款项。

享有优先受偿权的只限于农民成员。

一、合作社亏损处理方式

1、在建工程部分发生报废或者毁损，按规定程序批准后，按照扣除残料价值和过失人及保险公司赔款后的净损失，计入工程成本。

由于自然灾害等非常原因造成的报废或者毁损，其净损失计入其他支出。

2、建立健全固定资产内部控制制度，建立人员岗位责任制。应当定期盘点清查固定资产，做到账实相符，年度终了前必须进行一次全面的盘点清查。盘盈的固定资产，

按同类设备的市价计入其他收入；盘亏及毁损的固定资产，应查明原因，按规定程序批准后，按其原价扣除累计折旧、变价收入、过失人及保险公司赔款之后，计入其他支

出。

3、每年年度终了，合作社应当对短期投资、应收账款、存货、农业资产、长期投资、固定资产、在建工程、无形资产等资产进行全

面检查，对于已发生损失但尚未批准核销的各项资产，应在资产负债表补充资料中予以披露。这些资产包括：

①、确实无法回收的应收款项；

②、无法回收的短期投资和长期投资；

③、盘亏、毁损或报废的存货；

④、死亡、毁损的农业资产；

⑤、盘亏或毁损的固定资产；

⑥、毁损或报废的在建工程；

⑦、注销或无效的无形资产。

4、加强应付账款和其他应付款的管理，及时核对余额，保证负债的真实性和准确性。凡一年以上应付而未付的款项应查找原因，对

确实无法付出的应付款项报合作社总经理批准后处理。