十九世纪以来，这种管辖权的运用形成一种习惯国际法，如世界各国对海盗罪行使的管辖权。二十世纪以来，习惯国际法的规则逐渐为国际公约的内容所取代，普遍管辖权的运用进一步得到国际社会的普遍认同。特别是第二次世界大战结束后，国际社会对战争罪行的审判使普遍管辖原则的适用得到长足的发展。如以色列法院对德国战犯阿道夫.艾希曼的审判。希特勒政府犹太人中心事物局头目阿道夫.艾希曼因参与和屠杀四百万犹太人而被控犯有反人道罪，他本应受到纽伦堡国际军事法庭的审判，但由于其潜逃在外，故纽伦堡法庭的管辖权未能实现。1960年5月，以色列情报局获悉艾希曼化名隐藏在阿根廷，便派人将艾希曼逮回以色列进行审判，并由法院判处其死刑。尽管以色列法院对艾希曼的审判并无法律上的管辖依据，因为以色列既非犯罪行为实施地、又不是犯罪行为人所属国，更不是被害人所属国或犯罪行为实施的对象(艾希曼屠杀犹太人时，以色列尚未建国)，但国际上对以色列法院审判艾希曼所适用的管辖权则少有疑义。这个审判实例恰好揭示了普遍管辖权不同于一般刑事管辖权的特性。

(一)原理上的独特性

普遍管辖的独特性主要体现为适用上的国际普遍性(或称为广泛性)，这种广泛性表现为管辖权行使的广泛性以及针对国际犯罪适用管辖的广泛性。传统的刑事管辖通常以衍生于国家主权的领域或属人(积极的属人和消极的属人)为前提基础，根据国际法的一般原则，任何国家均享有属地优越权(或称领土最高权)或属人优越性。正如1927年国际常设法院在荷花号案中所说的，一个国家不得以任何方式在另一个国家的领土上行使它的权力;管辖权不能由一个国家在它的领土外行使，除非依据来自国际习惯或一项公约的允许性规则。这种情况表明刑事管辖权的适用受制于国内刑事管辖原则的规制，对于那些与国内刑事管辖毫无牵涉的罪行无法行使管辖权，事实上这种状况已无法满足国际社会惩治国际犯罪的需求。根据普遍管辖的理论，世界各国均有权追诉那些危害人类共同利益的国际犯罪，因为这类犯罪不仅仅是对某个国家或某个个人的侵犯，而是对整个人类的安全和秩序的破坏。因此，普遍管辖的适用不再考虑犯罪地、犯罪人及受害人等具体的管辖因素，每个国家都可以对国际犯罪实行管辖。普遍管辖权的应用具有一种强烈的国际性，它不仅突破了传统地域、国籍、利益管辖适用上的限制，而且在某种程度上拓展了刑事管辖权的施展空间，为有效制裁国际犯罪提供了一种理论上的依据。

普遍管辖原理上的独特性是国际刑法基本原则的具体体现。因而有学者指出，对行为人的处罚性不顾行为的时间和地点是国际刑事责任的必要因素。普遍管辖权是世界各国同国际犯罪作斗争的基本权利，是国际刑法基本理论的展现。国际社会之所以需要国际刑法，是因为它明确禁止某些严重危害国际社会共同利益的行为，而且为世界各国联合制裁国际犯罪提供了统一的依据与保障。普遍管辖权的广泛应用则是国际刑法价值的一种具体表现形式。

(二)适用上的局限性

尽管国际公约与国内刑法设定的普遍管辖依据具有广泛的国际适用性，而且有利于制裁国际犯罪，但在当前的国际形势下，普遍管辖权的适用只是一个辅助性的刑事管辖原则，是国内地域管辖、国籍管辖和保护管辖补充适用原则。在一般情况下，普遍管辖的适用应避让其他管辖的优先地位，尽可能地避免与其他管辖原则的适用产生冲突，从而实现国际社会设立普遍管辖的宗旨。由此可见，普遍管辖在实际运用上具有一定的局限性。这种局限性主要来自三个方面：

第一，管辖罪行的限制。适用普遍管辖应追诉哪些罪行，历来是国际学界广为探讨的课题，因为有关国际犯罪的界定缺乏统一的标准，所以国际罪行的确认成为普遍管辖适用的限制因素之一。普遍管辖权的适用滥觞于海盗罪的惩治，海盗罪是最早被国际社会认同的典型的国际犯罪，自此，国际社会在界定适用普遍管辖的国际犯罪时，往往以海盗罪为蓝本，主要考虑犯罪行为是否具有严重性和国际谴责性。

第二，国家主权观念的限制。从理论上讲，普遍管辖权与国家主权并不矛盾，因为普遍管辖权是由各个主权国家通过缔结公约而行使的一项权利，而且普遍管辖权的适用范围又仅限于国际犯罪。然而，管辖权以主权为依据的事实并不意味着，每一个国家在国际法上有在它所选择的任何情况下行使管辖权的主权权利。普遍管辖权的行使可能会影响其他国家的利益，当一个国家自认为是其管辖权的主权权利行使时，另一个国家则可能认为是对其属地或属人权威主权的侵犯，这种情形使普遍管辖的适用受到一定程度的限制。另一个问题在于，由于世界文化的差异和法制模式的不同，国际社会关于国际犯罪的概念至今尚未达成共识。一些国家担心其他国家肆意扩大国际犯罪的解释进而扩大其司法管辖权，有意或无意地干涉了本国对案件的管辖权，故而限制普遍管辖的实际运用。因此，在世界范围内完全确立普遍管辖原则，不仅在法律上存有实际的困难，而且在政治上同样存在着一定的阻力。

第三，权利与义务对等性的限制。实际上普遍管辖在扩大一国管辖权适用范围的同时，也增加了国家在控制和惩处国际性犯罪方面的义务。面对日益猖獗的犯罪活动，每个国家的警察和司法机关都要投入巨大的人力物力同犯罪作斗争，因而对于与犯罪行为无关的第三国是否愿意行使管辖权，对各国来讲都是一个考验。因为巨大的司法压力和经费上的困难，往往使得一些国家望而生畏，不愿承担这种额外的义务。特别是证据的提取、搜集和使用的复杂性加重了他们顺利完成特定司法任务的难度。每一步复杂的刑事司法协助程序，无疑给当事国家增加了许多法律程序上的麻烦。为了避免这些麻烦，有些国家往往不愿行使普遍管辖权。即使有些国家在特殊的场合有兴趣对某些案件行使普遍管辖权，这种管辖与其说是司法需要，不如说是政治需要。

此外，关于非国际公约缔约国能否行使普遍管辖权的问题也涉及权利与义务对等性的限制问题。有的学者指出，普遍管辖权的行使不应仅局限于公约的缔约国，非缔约国也享有起诉劫持航空器、恐怖主义、种族隔离、酷刑和危害受国际保护人员等国际犯罪的权利。这种观点认为，首先，多边公约没有反对非缔约国依照条约审判和处罚罪犯;其次，国家认识到应适用普遍管辖罪行的实际存在，其行使管辖权不是依据条约或公约，而是国际法的一般原则;再次，非缔约国行使普遍管辖权虽然缺乏各种学理支持，但从国际法的渊源上获得支持，即国际社会对惩治国际罪行的共识。我们认为，这些分析不无道理，其中涉及的问题是，一项条约能否为非缔约国创设权利和义务。如果一项条约(或几项条约)所包含的规则为国际社会普遍赞同，那么这些规则可能具有习惯国际法的性质，因此对非缔约国也具有拘束力，如关于战争习惯与规则的1907年《关于陆战法规和习惯的公约》和《关于陆战法规和习惯规则》，以及1949年的四个《日内瓦公约》及其两个附加议定书。因为在有些国家习惯国际法可以作为本国法律的一部分，而条约却需要立法行动才能在国内法中适用。因此，尽管目前解决管辖权冲突的国际性法律文件较为匮乏，但非缔约国基于惩治国际犯罪的共同责任，并根据习惯国际法行使普遍管辖权，一般不会招致国际社会的非议。