如何处理工程预付款纠纷在工程实施过程中提前签订合同是十分必要的。施工企业在支付工程预付款后迟迟不开工，将对工程造成严重影响的，可以采取逐步解决的办法，也可以扣除支付凭证的金额。具体如下：

（一）工程预付款的支付

施工单位按合同约定支付工程预付款后，施工企业迟迟不进场施工，占用施工单位资金，或者提出各种不合理的条件胁迫施工单位，达不到要求拒不进场施工的。在《建设工程施工合同示范文本》（1999年版）中，《工程预付款协议书》只规定了工程预付款的支付比例和时间，只规定了施工单位的责任，施工企业没有相应的责任。一旦预付款（金额可能较大）无条件支付给施工企业，很容易造成上述问题。因此，建议提前支付工程预付款。付款条件见FIDIC施工合同条件中关于预付款的约定。FIDIC施工合同条件对预付款的要求如下：承包人按本款规定提交保函时，发包人应支付预付款。预付款总额、分期付款的次数和时间（如果不止一次）、适用的货币和比例应符合投标书附录的规定。承包商应确保本保函在预付款支付前保持有效和可执行，但总金额可根据支付证书中规定的承包商支付的金额逐步减少。如果保函条款中规定了到期日，而预付款在到期日前28天仍未付清，承包商应延长保函的有效期，直到预付款付清为止。将上述FIDIC施工合同条件的详细表述与《建设工程施工合同示范文本》（1999年版）中的工程预付款进行比较，不难发现前者更为全面，更有利于双方利益的平衡具有较强的可操作性，FIDIC合同条件中关于履约保函的约定更为全面，如果在施工合同中有此条款的规定，可以大大降低无条件支付预付款所带来的风险，可避免不必要的纠纷和经济损失，施工单位的资金风险和工程建设的资金投入直接影响施工企业的资金安排，从而影响工程建设进度，最终影响建设单位的投资收益。国内许多施工合同中对工程预付款的扣除没有明确规定，有的约定在竣工决算后从余款中扣除，有的约定在竣工决算后从余款中一次性扣除工程款的后期支付，不考虑与工程建设进度相适应的协议，很容易引起工程款支付中的纠纷。如果在项目实施过程中发生其他争议，也可能由于对工程预付款的支付和扣除约定不详细，导致双方对工程实际支付金额产生争议。以下简要介绍国内项目管理界公认的国际通用的工程预付款扣除方法：

1。工程预付款的扣除方法有两个关键要素：一是工程预付款支付时的扣除点，二是如何扣除，扣除比例就是扣除比例。在国内工程建设中，工程预付款的作用主要是施工单位在工程开工前支付给施工企业的材料设备购置款。具体资金数额根据双方签订的工程合同金额及工程所需材料设备占整个工程造价的比例确定。因此，在确定工程预付款之前，必须先支付材料和设备，计算出设备在整个工程造价中所占的比例，并计算出材料和设备在整个工程造价中所占的百分比。然后通过经验公式确定工程预付款的起始扣除点，即预付款的起始扣除点=合同总价-工程预付款/材料设备占工程造价的百分比，扣除额为当月的进度款×材料和设备占工程造价的百分比，在扣除完成前，双方可接受按此条件谈判正常的工业和民用建筑合同，扣除不及时，不会影响工程建设进度，也不会给建设单位造成经济风险。

2。FIDIC施工合同条款（针对业主设计的建筑物和工程）中的预付款扣减如下：预付款应在付款证书中按百分比扣回。除非投标书附录中另有规定：

（1）当确认的期中付款（不包括预付款、扣减和退还保留金）的累计金额超过中标合同金额减去暂定金额后余额的百分之十（10%）时，应从付款证书开始扣减（即“起始扣除点”）；

（2）扣除额按每份付款凭证金额的四分之一（25%）计算（不包括预付款、扣减和退还保留金），并按预付款的币种和比例计算，直至预付款付清为止。如果在颁发工程接收证书或根据合同终止条款终止合同之前，预付款尚未支付，承包商应立即向业主支付全部余额。