随着国家经济发展和海关刑事执法实践的深入，在肯定海关近十年走私犯罪侦查实践的同时，我们不难发现海关刑事管辖权配置仍存在一些明显的不足之处，其主要表现在以下三方面：

首先，海关对于某些知识产权犯罪缺乏必要的刑事管辖权

改革开放近三十年来，我国已经发展成为“世界的工厂”，世界主要发达国家纷纷将生产基地移师我国内地。我国在拥有强大生产能力的同时却面临自主知识产权异常匮乏的尴尬局面，因而，在我国侵犯知识产权的情况较为严重。作为国际物流必经之地的海关，其在接受报关、查验进出口货物过程中经常会发现大量侵犯知识产权犯罪。例如：自1996年到2005年全国海关共查获各类进出口侵犯知识产权货物案件5571起，案值7.3亿多元。入世以来，年平均以30%的幅度增长。另据美国国土安全部下设的移民与海关执法局(ICE)统计，其2005年度查获进口侵权货物货值的74%来自中国。

在欧盟也有类似的统计数据。上述数据表明，当前我国的跨国侵犯知识产权犯罪的形势相当严峻，且对我国在国际上的形象造成了较大的负面影响。但根据《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、司法部、海关总署关于走私犯罪侦查机关办理走私犯罪案件适用刑事诉讼程序若干问题的通知》的规定，海关没有对侵犯知识产权犯罪的管辖权。因而其只能通过与具有刑事管辖权的地方公安机关进行刑事执法协作的方式进行，其具体协作依据是2006年的《公安部、海关总署关于加强知识产权执法协作的暂行规定》。按照规定，这种协作是由公安机关经济犯罪侦查部门和海关法规部门归口管理，这种跨越公安、海关两大系统的合作必然存在效率低下或部门利益冲突等问题。可以说，《暂行规定》只是权宜之计，如若从根本上解决问题，则应当赋予海关对发生在某些区域内(主要海关监管区)的某些侵犯知识产权犯罪的刑事管辖权。

其次，海关对于洗钱犯罪缺乏必要的刑事管辖权

根据1997年《刑法》的规定，洗钱犯罪的上游犯罪包括目前海关管辖的全部十二种走私犯罪，但根据《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、司法部、海关总署关于走私犯罪侦查机关办理走私犯罪案件适用刑事诉讼程序若干问题的通知》和公安部1998年的有关文件，海关没有对洗钱犯罪的刑事管辖权，该种犯罪的管辖权属于公安机关的经侦部门。但从洗钱犯罪的线索来源看，发现洗钱犯罪一般有两个途径：一是来自人民银行的可疑交易报告(STR)和管辖上游犯罪的有关刑事执法部门，由于我国的可疑交易报告制度和相关配套措施极不完善，尚不足以通过这一渠道大量发现洗钱犯罪。为此，赋予海关对洗钱犯罪的刑事管辖权具有重大意义，可以从根本上提高对与走私犯罪相关的洗钱犯罪的打击力度。

最后，海关对于骗税、虚开增值税发票等犯罪缺乏必要的刑事管辖权

像侵犯知识产权犯罪一样，海关在接受报关、查验进出口货物过程中往往也会发现一些骗取出口退税的情况，如一些犯罪分子出口伪劣、虚假或者价格虚高的货物骗取报关单等单证，其目的是在假出口后到有关税务机关骗取国家出口退税款。对于此类情形由于海关发现早，可以更好地对犯罪过程实施监控，最终将犯罪分子一网打尽，这对于保护国内税收体系不受骗税犯罪侵害大有好处。另外，在海关查处走私犯罪的同时会经常发现一些为走私犯罪分子虚开增值税发票的犯罪分子，而海关没有此类犯罪的刑事管辖权，只能在证据确凿的情况下将案件移送有关地方公安机关。赋予海关对虚开增值税发票犯罪的刑事管辖权则可以解决这个问题，而且可以大大提高执法机关对某些特定虚开增值税发票犯罪的打击力度。

此外，海关在打击走私犯罪过程中也往往会发现地下钱庄(非法经营罪)、骗购外汇罪、持有假信用卡(妨害信用卡管理罪，如海关在进行旅客检查过程中会发现大量假信用卡)、持有假币罪、持有毒品罪等，对于上述海关在某些特定领域发现的犯罪也可以由海关进行管辖。