1、人民法院审理商标纠纷案件时，对假冒注册商标的商品和工具按以下情形处理：

(1)应权利人请求，对属于假冒注册商标的商品，除特殊情况外，责令销毁；

(2)对主要用于制造假冒注册商标的商品的材料、工具，责令销毁，且不予补偿；或者在特殊情况下，责令禁止前述材料、工具进入商业渠道，且不予补偿。

2、法律依据：《中华人民共和国商标法》

第六十三条

侵犯商标专用权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定；权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该商标许可使用费的倍数合理确定。对恶意侵犯商标专用权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定赔偿数额。赔偿数额应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。

人民法院为确定赔偿数额，在权利人已经尽力举证，而与侵权行为相关的账簿、资料主要由侵权人掌握的情况下，可以责令侵权人提供与侵权行为相关的账簿、资料；侵权人不提供或者提供虚假的账簿、资料的，人民法院可以参考权利人的主张和提供的证据判定赔偿数额。

权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益、注册商标许可使用费难以确定的，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予五百万元以下的赔偿。

人民法院审理商标纠纷案件，应权利人请求，对属于假冒注册商标的商品，除特殊情况外，责令销毁；对主要用于制造假冒注册商标的商品的材料、工具，责令销毁，且不予补偿；或者在特殊情况下，责令禁止前述材料、工具进入商业渠道，且不予补偿。

假冒注册商标的商品不得在仅去除假冒注册商标后进入商业渠道。

一、假冒注册商标纠纷起诉程序

第一，起诉：向有管辖权的法院立案庭递交诉状，商标民事纠纷的第一审案件，由中级以上人民法院管辖，各高级人民法院根据本辖区的实际情况，经最高人民法院批准，可以在较大城市确定1-2个基层人民法院受理第一审商标民事纠纷案件，因侵犯注册商标专用权行为以及侵犯驰名商标特殊保护权利提起的民事诉讼，由侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地，或者查封扣押地、被告住所地人民法院管辖。

第二，立案：法院经立案审查认为符合立案条件的，通知当事人七日内交诉讼费，交费后予以立案。

第三，受理后法院于五日内将起诉状副本送达对方当事人，对方当事人在十五日内进行答辩。

第四，证据交换，这是很重要的一步，因为侵权人在知道权利人起诉后，就会存在消灭证据之心，所以权利人可以要求法院保全证据，根据《中华人民共和国商标法》的规定，为制止侵权行为，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，商标注册人或者利害关系人可以在起诉前向人民法院申请保全证据。

第五，开庭审理，合议庭合议作出裁决，不服裁定的，自送达之日起十日内向上级人民法院提出上诉，不服判决的，自送达之日起十五日内向上级人民法院提出上诉。